来自印度北部坏死性软组织感染的以革兰阴性菌为主的多菌种微生物组：一项整合培养与16S rRNA宏基因组学的前瞻性队列研究

坏死性软组织感染（NSTI）的死亡率为10%至30%。当前的经验性抗菌治疗指导几乎完全来源于以化脓性链球菌和需氧-厌氧菌联合群落为主导的西方队列，然而，这一微生物学范式是否适用于热带、高抗菌药物压力环境，尚未通过非培养依赖性方法加以验证。我们在印度北部一家三级医疗中心对169例经术中确诊的NSTI患者开展了一项前瞻性队列研究（2021年至2024年）。伤口组织接受了需氧和厌氧培养、基于QIIME2的16S rRNA基因扩增子测序（V3-V4），以及针对鲍曼不动杆菌和化脓性链球菌的SYBR Green靶向定量PCR（qPCR）。伤口微生物群以革兰阴性菌和多菌种感染占压倒性优势，其中以鲍曼不动杆菌为主导（培养，33.7%；宏基因组学，49.1%；qPCR，37.9%），其次为大肠埃希菌（32.0%）和肺炎克雷伯菌（20.7%）；化脓性链球菌仅占培养阳性病例的4.7%。多菌种伤口具有更高的Shannon多样性（2.59比2.33；P = 0.048），且群落组成存在明确差异（PERMANOVA R2 = 0.511；P = 0.010）。培养与宏基因组学之间的一致性从大肠埃希菌的几乎完全一致（{kappa} = 0.849）到链球菌的轻度一致（{kappa} = 0.131）不等。印度北部NSTI呈现出不同于西方范式的微生物学图景，这对经验性治疗具有重要意义。

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