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表观遗传时钟通过 DNA 甲基化模式估计生物学年龄，但由于癌症中广泛存在的表观遗传重编程，其在癌症中的表现较差，从而限制了对肿瘤生物学中衰老过程的研究。 在此，我们开发了 GepiClock，这是一种基于癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas, TCGA）中 32 种癌症类型的 DNA 甲基化数据训练得到的表观遗传时钟。GepiClock 基于 4,862 个 CpG 位点，能够在肿瘤样本和正常样本中准确预测年龄，这表明尽管发生了恶性转化，衰老相关的核心甲基化程序仍然可以被检测到。 将 GepiClock 应用于具有分子分型信息、且配有匹配药物反应和 CRISPR 筛选数据的癌症细胞系后，我们发现了与年龄相关的脆弱性。预测年龄较年轻的细胞系对 mTOR、MEK1/2 和 HSP90 抑制剂更为敏感，而预测年龄较老的细胞系则对 AKT 和 PI3K 抑制剂表现出更高敏感性。此外，我们还识别出癌症类型特异性的模式以及与年龄相关的遗传依赖性。 这些发现建立了一个用于量化癌症中生物学年龄的框架，并将衰老相关状态与治疗脆弱性联系起来。
一种广义表观遗传时钟揭示了癌细胞中与衰老相关的治疗脆弱性 | bioRxiv
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一种广义表观遗传时钟揭示了癌细胞中与衰老相关的治疗脆弱性
Irene Fernandez-Rebollo， Alessandro Digilio， Athanasios Oikonomou， Lucia Trastulla， Manel Esteller， Francesco Iorio
doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.22.733689
Irene Fernandez-Rebollo 1 Human Technopole； 在 Google Scholar 上查找该作者 在 PubMed 上查找该作者 在持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。 本作品依据 CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可协议提供。
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发表于 2026 年 6 月 26 日。 下载 PDF 补充材料 电子邮件
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一种广义表观遗传时钟揭示了癌细胞中与衰老相关的治疗脆弱性
Irene Fernandez-Rebollo， Alessandro Digilio， Athanasios Oikonomou， Lucia Trastulla， Manel Esteller， Francesco Iorio
bioRxiv 2026.06.22.733689； doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.22.733689
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一种广义表观遗传时钟揭示了癌细胞中与衰老相关的治疗脆弱性
Irene Fernandez-Rebollo， Alessandro Digilio， Athanasios Oikonomou， Lucia Trastulla， Manel Esteller， Francesco Iorio
bioRxiv 2026.06.22.733689； doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.22.733689
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.22.733689v1?rss=1
🏷️ 表观遗传时钟 DNA甲基化 癌症衰老 治疗脆弱性 药物敏感性 CRISPR筛选