- 8 次围观
空间转录组学与长读长测序的结合，使得能够在实体组织切片中对全长转录本进行空间表征。然而，当前仍缺乏标准化的计算分析框架，并且尚不清楚 Oxford Nanopore Technologies 和 Pacific Biosciences 现有的长读长测序平台是否能够产生可比结果。在此，我们提出了一种用于空间全长转录本分析的计算策略，重点关注适应性免疫受体库（AIRR）的空间谱系分析。 我们的方法引入了一种自适应过滤策略，能够动态优化读段筛选并显著提高共识序列准确性，从而实现不依赖平台特异性测序错误谱的高置信度序列重建。我们进一步提出了基于证据的指导原则，以支持对空间 AIRR 数据进行一致且稳健的分析。最终形成的软件 LongAIRR 具有模块化特性，并可与现有空间转录组学和 AIRR 分析框架实现互操作。本研究为空间免疫学奠定了方法学基础，使得能够在其原位组织微环境中对免疫受体库进行精确定位。
利用 LongAIRR 对长读长测序获得的空间适应性免疫受体库进行一致的基于共识的注释 | bioRxiv
跳转至主要内容 首页 关于 投稿 提醒 / RSS 搜索此关键词 高级搜索 最新结果
利用 LongAIRR 对长读长测序获得的空间适应性免疫受体库进行一致的基于共识的注释
Jonas Schuck，Samira Ortega Iannazzo，Zeina Mahmoud，Charles Gwellem Anchang，Lucie Marie Hasse，Katharina Weber，Katharina Imkeller
doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.22.733709
Jonas Schuck 法兰克福歌德大学
Samira Ortega Iannazzo 法兰克福歌德大学
Zeina Mahmoud 法兰克福歌德大学
Charles Gwellem Anchang 法兰克福歌德大学
Lucie Marie Hasse 法兰克福歌德大学
Katharina Weber 法兰克福歌德大学
Katharina Imkeller 法兰克福歌德大学
通讯请联系： imkeller{at}rz.uni-frankfurt.de
摘要
信息/历史 指标 补充材料 数据/代码 PDF 预览
摘要
空间转录组学与长读长测序的结合，使得能够在实体组织切片内对全长转录持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。 本文依据 CC-BY-NC 4.0 国际许可协议提供。
返回顶部 上一篇 发表于 2026 年 6 月 26 日。
下载 PDF 补充材料 数据/代码 电子邮件
感谢您有兴趣传播 bioRxiv 的内容。
您的电子邮件 * 您的姓名 * 发送至 *
请输入多个地址，每行一个，或用逗号分隔。
您将通过电子邮件发送以下内容： 利用 LongAIRR 对长读长测序获得的空间适应性免疫受体库进行一致的基于共识的注释
邮件主题 （您的姓名）已从 bioRxiv 转发一个页面给您
邮件正文 （您的姓名）认为您可能希望查看 bioRxiv 网站上的这个页面。
您的个人留言
验证码
此问题用于测试您是否为人工访问者，并防止自动化垃圾信息提交。
分享
利用 LongAIRR 对长读长测序获得的空间适应性免疫受体库进行一致的基于共识的注释
Jonas Schuck，Samira Ortega Iannazzo，Zeina Mahmoud，Charles Gwellem Anchang，Lucie Marie Hasse，Katharina Weber，Katharina Imkeller
bioRxiv 2026.06.22.733709； doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.22.733709
分享本文： 复制
引文工具
利用 LongAIRR 对长读长测序获得的空间适应性免疫受体库进行一致的基于共识的注释
Jonas Schuck，Samira Ortega Iannazzo，Zeina Mahmoud，Charles Gwellem Anchang，Lucie Marie Hasse，Katharina Weber，Katharina Imkeller
bioRxiv 2026.06.22.733709； doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.22.733709
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.22.733709v1?rss=1
🏷️ 长读长测序 空间转录组学 适应性免疫受体库 共识注释 计算分析框架 空间免疫学