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双链RNA（dsRNA）是活跃病毒感染近乎普遍的标志。尽管dsRNA作为泛病毒复制中间体具有重要作用，但以dsRNA为中心的病毒监测技术仍然较为匮乏，并且在很大程度上依赖基于单克隆抗体的方法。这类方法尽管具有很高的灵敏度，但成本高昂，且难以进行工程化改造、规模化扩展或与下游检测分析整合。在此，我们提出了一种模块化、无抗体的dsRNA定量与定性分析流程，该流程围绕来源于Flock House病毒的工程化B2蛋白构建，并具有纳摩尔范围的结合亲和力。该流程兼容基于吸光度或发光的检测格式。在夹心检测构型（Sand-BIRD）中，可直接从未经RNA提取的粗生物样品中实现亚ng mL^-1 水平的dsRNA定量，其性能可与金标准J2单克隆抗体相媲美。Sand-BIRD能够以商业级可靠性稳定检测植物样品（番茄丛矮病毒和葡萄扇叶病毒）以及蚊虫样品（西尼罗病毒和登革病毒）中的病毒感染。从阳性样品中洗脱获得的dsRNA还可进一步直接进行Oxford Nanopore直接测序，从而在无需预先序列信息或总RNA提取的情况下实现病毒物种鉴定。综上，本研究建立了一种端到端、非序列依赖的直接RNA双链定量与测序工作流程（BIRD-Seq），在新发传染病监测和下一代即时检测（PoC）诊断方面具有显著应用潜力。
BIRD-Seq：用于病毒监测的基于 B2 蛋白整合的 dsRNA 检测与纳米孔测序端到端流程 | bioRxiv
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BIRD-Seq：用于病毒监测的基于 B2 蛋白整合的 dsRNA 检测与纳米孔测序端到端流程
Athanasios Nikolaos Xhurxhi，
Subhankar Sahu，
Helene Scheer，
Elliot F Miott，
Abdelmalek Alioua，
Daniel Clesse，
Baptiste Monsion，
Julien Pompon，
Sabine Szunerits，
Todd Blevins，
Christophe Ritzenthaler
doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.25.734422
Athanasios Nikolaos Xhurxhi 1 法国国家科学研究中心植物分子生物学研究所（IBMP）与斯特拉斯堡大学；
Subhankar Sahu 2 法国国家科学研究中心植物分子生物学研究所（IBMP），斯特拉斯堡大学；
Helene Scheer 2 法国国家科学研究中心植物分子生物学研究所（IBMP），斯特拉斯堡大学；
Elliot F Miott 3 MIVEGEC，蒙彼利埃大学，IRD，CNRS，INRAE；
Abdelmalek Alioua 2 法国国家科学研究中心植物分子生物学研究所（IBMP），斯特拉斯堡大学；
Daniel Clesse 2 法国国家科学研究中心植物分子生物学研究所（IBMP），斯特拉斯堡大学；
Baptiste Monsion 4 病毒学联合研究单位（UMR VIROLOGIE），阿尔福国立兽医学院，ANSES，INRAE；
Julien Pompon 5 IRD；
Sabine Szunerits 6 里尔大学；
Todd Blevins 2 法国国家科学研究中心植物分子生物学研究所（IBMP），斯特拉斯堡大学；
Christophe Ritzenthaler 7 法国国家科学研究中心植物分子生物学研究所（UPR2357）与斯特拉斯堡大学
通讯作者： ritzenth{at}unistra.fr
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摘要
双链 RNA（dsRNA）是活跃病毒感染几乎普遍存在的标志。尽管 dsRNA 作为广谱病毒复制中间体具有关键作用，但以 dsRNA 为中心的病毒监测技术仍然稀缺，并且在很大程度上依赖基于单克隆抗体的方法；这类方法虽然灵敏度很高，但成所有者为作者/资助方，其已授权 bioRxiv 永久展示该预印本。
本文依据 CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可协议公开提供。
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发布于 2026 年 6 月 26 日。
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Elliot F Miott，
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Daniel Clesse，
Baptiste Monsion，
Julien Pompon，
Sabine Szunerits，
Todd Blevins，
Christophe Ritzenthaler
bioRxiv 2026.06.25.734422； doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.25.734422
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Athanasios Nikolaos Xhurxhi，
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Elliot F Miott，
Abdelmalek Alioua，
Daniel Clesse，
Baptiste Monsion，
Julien Pompon，
Sabine Szunerits，
Todd Blevins，
Christophe Ritzenthaler
bioRxiv 2026.06.25.734422； doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.25.734422
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.25.734422v1?rss=1
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