CREPAS：用于表观基因组复制研究的可复现新生染色质测序分析流程

基于染色质的基因组学数据对于理解基因组调控以及表观遗传记忆形成的机制至关重要。近年来，诸如 ChOR-seq 和 SCAR-seq 等方法能够在复制过程中及复制后评估组蛋白修饰和染色质相关蛋白，从而捕获有助于细胞分裂间记忆传递的染色质状态。现有的染色质数据分析工具在不同计算基础设施之间缺乏可扩展性和可重复性，提供的参数有限，并且仅适用于少数测序技术，忽视了新生染色质检测所提供的信息。为应对这些挑战，我们开发了 CREPAS，这是一条基于 Nextflow 的流程管线，用于分析新生染色质和亲代染色质的测序数据，包括 ChIP-seq、ChOR-seq、SCAR-seq、OK-seq、ATAC-seq、CUT&RUN、CUT&Tag 及其衍生方案。CREPAS 提供端到端的解决方案，涵盖从质量控制到高级分析的全过程，包括降采样、峰值检测、注释和可视化。通过利用 qChIP-seq 和 qChOR-seq 等定量检测方法，CREPAS 中的标准化方法能够比较单个标记或蛋白在不同复制时间点的恢复动力学。此外，该流程还包括利用 OK-seq 和 SCAR-seq 数据进行复制叉方向性和分配等计算，将复制动力学与表观遗传继承联系起来。CREPAS 是一项有价值的资源，可提升新生染色质测序数据分析的效率和可重复性，从而支持对染色质复制及表观遗传状态传播的研究。

基于染色质的基因组学数据对于理解基因组调控以及表观遗传记忆形成的机制至关重要。近年来，ChOR-seq 和 SCAR-seq 等方法能够评估复制过程中及复制后组蛋白修饰和染色质相关蛋白的状态，从而捕获有助于细胞分裂间记忆传递的染色质状态。当前的染色质数据分析工具在不同计算基础设施之间缺乏可扩展性和可重复性，可调参数有限，并且仅适用于少数几种测序技术，忽视了新生染色质检测方法所提供的信息。为应对这些挑战，我们开发了 CREPAS，这是一条基于 Nextflow 的流程管线，用于分析新生及亲代染色质测序数据，包括 ChIP-seq、ChOR-seq、SCAR-seq、OK-seq、ATAC-seq、CUT&RUN、CUT&Tag 及其衍生方案。CREPAS 提供端到端的解决方案，涵盖从质量控制到高级分析的全过程，包括下采样、峰值识别、注释和可视化。通过利用 qChIP-seq 和 qChOR-seq 等定量检测方法，CREPAS 中的标准化方法能够比较单个标记或蛋白在不同复制时间点上的恢复动力学。此外，该流程还包括利用 OK-seq 和 SCAR-seq 数据进行复制叉方向性和分配情况等计算，从而将复制动力学与表观遗传继承联系起来。CREPAS 是一项重要资源，可提升新生染色质测序数据分析的效率和可重复性，从而支持对染色质复制及表观遗传状态传播的研究。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.21.732899v1?rss=1

🏷️ 表观基因组学 新生染色质 测序分析流程 Nextflow 染色质复制 可重复性分析