环境过滤作用的季节变化与宿主相关选择共同塑造了同域分布的欧洲粪蝇属粪蝇肠道微生物组

动物微生物组受到环境暴露和宿主相关筛选的共同塑造，但这两种过程的相对重要性仍缺乏充分认识。与粪便相关的昆虫为研究这一问题提供了理想模型，因为它们在高度动态的微生物环境中发育并取食。我们研究了六种同域分布的 *Sepsis* 属（双翅目：粪蝇科）粪蝇的肠道微生物组，并在瑞士一个生长季内将其与牛粪中的微生物群落进行了比较。采用全长 16S rRNA 基因测序（PacBio），我们对来自 74 只蝇样和 15 份牛粪样的细菌群落进行了表征。季节变化是决定微生物组组成的最强预测因子，而宿主物种的影响较弱；即使在去除粪便相关类群后，这种影响仍然存在，表明肠道群落并非仅仅是环境暴露的被动反映。只有少量肠道微生物组读段可归因于粪便相关类群，而且环境重叠主要因蝇种而异，而非因季节而异。一个高度非随机的核心微生物组在全部六个物种中持续存在：36 个细菌属（共 469 个）在所有宿主中共有，其富集程度约为随机期望的 119 倍，并且在去除粪便相关类群后仍然保留。这些发现支持一种双层微生物组组装模型：季节性环境变化决定微生物的可获得性，而宿主特异性过程则选择性保留其中一部分类群。

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🏷️ 肠道微生物组 环境过滤 宿主选择 16S rRNA测序 季节变化 粪蝇