胰腺癌血浆游离细胞小RNA谱分析中Illumina与Ultima Genomics测序技术的比较分析

血浆来源的无细胞小非编码 RNA 是用于癌症检测和监测的有前景的无创生物标志物。然而，测序输出的变异性限制了标准化，而且针对血浆小 RNA 分析的跨平台性能尚未得到系统评估。Illumina 短读长测序是当前的标准方法，而新近出现的 Ultima Genomics 平台在血浆循环小 RNA 研究中的评估还相对有限。为直接比较平台性能，我们在两个平台上对 39 例胰腺癌患者及 39 例匹配对照者的血浆无细胞 RNA 进行了测序。过滤后，Ultima Genomics 保留了更多成熟 microRNA 读段，而 Illumina 在富集效率和比对率方面略高。尽管存在这些技术差异，两个平台均产生了一致的表达谱，共享 microRNA 在跨平台间表现出较强相关性，并且在各自数据集中均能清晰区分病例与对照。差异表达分析在两个平台上共鉴定出 14 个具有统计学显著性的 microRNA，且变化方向一致，其中大多数得到了胰腺癌数据库的支持。通路富集分析强调了与胰腺癌相关的信号通路，支持了共享特征以及平台特异性特征的生物学相关性。这些发现表明，Illumina 和 Ultima Genomics 平台均适用于血浆小 RNA 分析，并能够捕获胰腺癌中具有生物学意义的信号。

血浆来源的细胞游离小非编码RNA是用于癌症检测和监测的有前景的无创生物标志物。然而，测序输出的变异性限制了标准化，而针对血浆小RNA分析的跨平台性能尚未得到系统评估。Illumina短读长测序是当前的标准方法，而新兴的Ultima Genomics平台在血浆循环小RNA研究中的评估仍相对有限。为直接比较平台性能，我们使用两个平台对39例胰腺癌患者和39例匹配对照的血浆细胞游离RNA进行了测序。过滤后，Ultima Genomics保留了更多成熟微小RNA读段，而Illumina在富集效率和比对率方面略高。尽管存在这些技术差异，两个平台仍产生了一致的表达谱，共享微小RNA在跨平台间表现出较强相关性，并且在各自数据集中均能清晰地区分病例组与对照组。差异表达分析在两个平台上均鉴定出14个显著微小RNA，且变化方向一致，其中大多数得到胰腺癌数据库的支持。通路富集分析突出显示了与胰腺癌相关的信号通路，支持了共享特征以及平台特异性特征的生物学相关性。这些结果表明，Illumina和Ultima Genomics平台均适用于血浆小RNA分析，并能够捕获胰腺癌中具有生物学意义的信号。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.21.733585v1?rss=1

🏷️ 胰腺癌 血浆游离RNA 小RNA测序 miRNA表达谱 测序平台比较