大鼠胸腺中无髓质上皮区域是富含成熟胸腺细胞和独特基质细胞亚群的特化微环境

胸腺髓质为负选择、晚期胸腺细胞成熟以及胸腺细胞外迁提供微环境，通常其特征为髓质胸腺上皮细胞（mTECs）的广泛分布。相比之下，大鼠胸腺髓质包含无髓质上皮区域（mEFAs），但这些区域的细胞组成及其功能意义仍不明确。在本研究中，我们结合空间转录组学与单细胞RNA测序（scRNA-seq），并采用稳健细胞类型分解（RCTD），对Lewis品系大鼠胸腺中的mEFAs进行了表征。分析结果显示，具有更成熟表型的CD4单阳性（CD4SP）、CD8单阳性（CD8SP）以及调节性T细胞谱系胸腺细胞优先定位于mEFAs，而未成熟的单阳性细胞亚群则富集于含有髓质上皮的区域。新发现的大鼠胸腺间充质细胞3型和4型（TMC3和TMC4）亚群也富集于mEFAs。这些亚群与小鼠髓质成纤维细胞总体上较为相似，但其与单阳性胸腺细胞之间预测的相互作用具有明显特征，包括共刺激分子-受体、趋化因子-受体以及细胞外基质（ECM）-整合素等作用轴。此外，表达门静脉内皮细胞标志物的静脉内皮细胞（vECs）也在mEFAs中聚集。S1P转运蛋白基因Spns2在TMC4和vEC两个亚群中均呈优先表达，提示mEFAs中可能存在更高的局部S1P浓度。这些发现表明，大鼠mEFAs是连接基质组织构型、胸腺细胞成熟与胸腺外迁的特化髓质生态位。

胸腺髓质为负选择、晚期胸腺细胞成熟以及胸腺细胞外迁提供微环境，通常其特征是髓质胸腺上皮细胞（mTECs）的广泛分布。相比之下，大鼠胸腺髓质中存在无髓质上皮区域（medullary epithelium-free areas, mEFAs），但这些区域的细胞组成及其功能意义仍不清楚。在本研究中，我们结合空间转录组学与单细胞RNA测序（scRNA-seq），并采用稳健细胞类型分解（robust cell-type decomposition, RCTD）方法，对Lewis品系大鼠胸腺中的mEFAs进行了表征。上述分析显示，具有更成熟表型的CD4SP、CD8SP以及调节性T细胞谱系胸腺细胞优先定位于mEFAs，而未成熟的SP亚群则富集于含有髓质上皮的区域。新发现的大鼠胸腺间充质细胞3和4（TMC3和TMC4）亚群也富集于mEFAs。这些亚群与小鼠髓质成纤维细胞总体上较为相似，但与SP胸腺细胞之间表现出不同的预测相互作用，包括共刺激分子-受体、趋化因子-受体以及细胞外基质（ECM）-整合素轴。此外，表达门静脉内皮细胞标志物的静脉内皮细胞（vECs）也在mEFAs中积聚。S1P转运蛋白基因Spns2在TMC4和vEC亚群中均呈优先表达，提示其在mEFAs中的局部浓度升高。上述发现表明，大鼠mEFAs是连接基质组织、胸腺细胞成熟与胸腺外迁的特化髓质微环境。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.21.733571v1?rss=1

🏷️ 胸腺微环境 空间转录组学 单细胞RNA测序 T细胞成熟 胸腺基质细胞 胸腺外迁