没有银弹：宏观共线性模式重现了蛛形纲高阶系统发育关系中的系统性冲突

长期以来，系统发育学家一直在寻求稀有基因组变异，因为它们有望解决生命之树中那些顽固难解的节点。近年来，大尺度共线性模式被提出为解决无脊椎动物内部疑难亲缘关系的一项突破性方法。其中，一个有望从该方法应用中受益的分类群是螯肢类（Chelicerata，作为其余节肢动物的姐妹群）；尽管研究者已经利用形态学性状、分子序列数据及其结合开展了密集研究，其辐射演化关系长期以来仍未得到清晰解析。螯肢类系统发育解析所面临的挑战包括一次古老的快速辐射、若干易受长枝吸引伪影影响的快速演化谱系的存在，以及多个目级谱系的灭绝——这些灭绝谱系无法被取样，从而无法用于打断长枝。目前，只有其中一部分节点得到了稳定解析。为打破这一僵局，我们综合利用了多类具有系统发育信息价值的稀有基因组变异，并测序获得了蓖蛛目（Ricinulei）和微鞭蝎目（Palpigradi）的首批基因组。本文表明，一次古老的共享全基因组复制事件仅限于蛛肺类（Arachnopulmonata，即蜘蛛和蝎子的最近共同祖先），这一结果不支持将蓖蛛目或微鞭蝎目按传统观点置于四肺类群近缘位置。耐人寻味的是，对融合—混合事件的研究发现，对于节蜱螨类（Acariformes）这一蛛形纲中系统位置最不稳定的目，存在两个彼此互斥位置且获得了同等程度的支持。我们的结果表明，融合—混合远非一种“万能解法”；它很可能与所有性状系统一样具有相同的涌现属性，即容易受到同形性以及源自古老快速辐射的冲突信号的影响。

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🏷️ 系统发育 宏观共线性 稀有基因组变异 蛛形纲 全基因组复制