人类蛋白质结构衍生接触网络响应性图谱

蛋白质结构编码了非局域接触的组织方式，但静态坐标并不能直接量化当有效稳定相互作用增强或减弱时，接触网络将如何响应。本文提出接触网络响应性（Contact-Network Responsiveness, CNR），这是一个源于结构的框架，可将残基水平的蛋白质坐标转换为密度受控且经拓扑校正的响应描述符。该方法不依赖于结构来源，可应用于实验测定的 PDB 结构、AlphaFold 模型或其他预测结构；在本文中，人类 AlphaFold 模型作为高覆盖率的结构基础。 在 22,167 个有效的人类蛋白质结构中，由疏水性非局域接触密度定义的构象易感性阈值，给出了一个几乎精确的 Bethe 平均场基线。随后，一个具备图感知能力的残基水平扩展揭示了相对于这一仅由密度决定的预测，系统性的拓扑依赖性偏差。我们定义了一个拓扑校正比率，[[EQUATION]]，用于区分拓扑促进型、密度主导型和拓扑抑制型接触网络响应状态。CNR 描述符与整理标注的 DisProt 无序注释以及广覆盖的 UniProt/MobiDB-lite 无序比例相关联，这支持了如下解释：CNR 捕捉到了一个与非局域接触可用性及其响应性相关的结构组织维度。

本网站正在使用一项安全服务来保护自身免受网络攻击。您刚刚执行的操作触发了该安全防护机制。可能导致此拦截的行为包括提交特定的词语或短语、SQL 命令，或格式错误的数据。

您可以向网站所有者发送电子邮件，告知您遭到拦截。请在邮件中说明该页面出现时您正在进行的操作，并附上本页底部显示的 Cloudflare Ray ID。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.22.733908v1?rss=1

🏷️ 蛋白质结构 接触网络 拓扑校正 AlphaFold 结构无序性