单细胞转录组基础模型中零样本效用与鲁棒性的系统性基准评测

单细胞基础模型（single-cell foundation models, scFMs）已被提出作为可复用的转录组分析表征，但在不进行任务特异性微调的情况下，其实际效用与稳健性仍未得到充分刻画。在此，我们系统评估了零样本设定下的单细胞转录组表征，涵盖20种方法、6项下游任务以及1,607个数据集，共计近2,180万个细胞。 我们从三个互补维度刻画了模型行为：基线效用、结构稳健性，以及导致性能变异的数据集层面驱动因素。我们的大规模分析揭示了效用与稳健性之间的脱钩：在标准基准测试中排名靠前的方法，往往在数据集结构发生变化时表现出明显的不稳定性。此外，没有任何单一模型能够在各项任务中始终表现优异。在若干任务中，基于高变基因的经典统计表征在零样本条件下仍然具有竞争力。 综上，这些结果界定了scFMs在零样本使用中的实际边界，并为单细胞基因组学中的表征选择提供了大规模基准与决策框架。

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