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动机：基于特异性T细胞功能扩增（Functional Expansion of Specific T cell, FEST）的检测方法将短期肽刺激与TCR测序相结合，以识别对特定抗原刺激发生扩增的克隆型。这些方法在检测新抗原特异性T细胞反应、指导疫苗开发以及评估检查点阻断疗效方面已被证明具有重要价值。然而，生物学重复和技术重复所引入的变异性给结果的可重复性和解释带来了挑战，而现有计算工具尚未针对这类检测中的重复水平分析提供支持。 结果：我们开发了 `replicateFest`，这是一个以R程序包和Shiny网络应用形式实现的计算框架，用于分析有重复和无重复的基于FEST的TCR-seq数据。对于无重复数据集，`replicateFest` 采用Fisher精确检验；对于重复实验，则采用负二项建模，并返回校正后的P值和优势比，以识别在抗原刺激条件下显著扩增的克隆型。该框架能够区分FEST扩增克隆型（相对于无抗原对照发生扩增）和FEST阳性克隆型（相对于所有其他条件发生扩增）。使用合成数据集进行验证表明，该方法能够准确检测抗原特异性克隆型。将其应用于已发表的HIV-1表位刺激数据后，成功重现了原始研究结果，并表明 `replicateFest` 在可重复性评估和质量控制方面具有实用价值。 可获得性与实现：`replicateFest` 在Apache-2.0许可下免费提供，R程序包地址为 `https://github.com/OncologyQS/replicateFest`，交互式Shiny应用地址为 `http://www.stat-apps.onc.jhmi.edu/FEST/`。
replicateFest：一个用于分析功能性扩增产生的 T 细胞受体库数据的 R 软件包和 Shiny 应用 | bioRxiv
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replicateFest：一个用于分析功能性扩增产生的 T 细胞受体库数据的 R 软件包和 Shiny 应用
Ludmila Danilova， Alexander Favorov， Kellie N Smith， Leslie Cope
doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.18.733036
Ludmila Danilova 1 约翰斯·霍普金斯大学医学院； 在 Google Scholar 上查找该作者 在 PubMed 上查找该作者 在持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。 本文依据 CC-BY 4.0 国际许可协议公开提供。
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发布于 2026 年 6 月 23 日。 下载 PDF 补充材料 电子邮件
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Ludmila Danilova， Alexander Favorov， Kellie N Smith， Leslie Cope
bioRxiv 2026.06.18.733036； doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.18.733036
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Ludmila Danilova， Alexander Favorov， Kellie N Smith， Leslie Cope
bioRxiv 2026.06.18.733036； doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.18.733036
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.18.733036v1?rss=1
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