Drug-Prot：一种用于动态蛋白质组网络中药物效应及相互作用统计推断的查询系统

理解药物效应和药物—药物相互作用对于开发联合疗法至关重要。我们提出了 Drug-Prot，这是一个计算框架，利用大规模扰动蛋白质组学来量化药物的因果效应、药物—药物相互作用以及动态蛋白质关系。 基于将 63 种单药和 59 种药物组合施用于 18 种乳腺癌细胞系并在 6、24 和 48 小时进行检测所得的数据，Drug-Prot 估计药物对蛋白质表达的影响，并重建有向的时序蛋白质依赖网络。该公开可用的软件支持对用户定义的蛋白质集合进行靶向分析，从而显著降低多重检验负担。 通过一个交互式 Web 应用，用户无需访问底层蛋白质组学数据集，即可获得单药和联合用药效应的校正后 p 值、有向时序依赖网络以及可下载的结果。作为一个应用案例，我们将带有不变性正则化的随机森林应用于三阴性乳腺癌细胞系，以识别与药物反应相关的蛋白质。在 Drug-Prot 中查询这些蛋白质后，可揭示蛋白质网络层面的药物特异性效应及相互作用效应，说明该框架如何将候选因果蛋白质特征与可操作的药物组合联系起来。

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🏷️ 扰动蛋白质组学 药物相互作用 联合疗法 动态蛋白网络 乳腺癌 统计推断