kontakteUR：将坐标转化为化学直觉，以聚焦生物分子系统中的关键相互作用

分子相互作用支配着细胞功能，因此，通过揭示结构—功能关系来发现生物分子机制至关重要。基于人工智能的预测、实验测定以及分子动力学模拟的快速发展，正在以前所未有的规模生成结构数据。然而，结构信息通常以笛卡尔坐标的形式表示，使得化学相互作用和构象关系在很大程度上处于隐含状态。 我们提出了一种高通量框架，可将结构几何信息转换为标准化、紧凑的接触空间。该框架突破了简单距离截断的方法，能够对多种残基—残基相互作用、其随时间的变化以及残基水平分辨率下的构象，提供一种兼具化学信息和几何信息的表征。 我们的接触空间表征即使面对大规模分析，也能够实现系统性的比较与分类。涵盖结构比较以及蛋白质—蛋白质、蛋白质—配体、蛋白质—RNA 和抗体—抗原复合物研究的案例表明，接触空间分析能够揭示相互作用模式、识别关键突变位点，并将结构特征与实验观察联系起来。 通过这些及更多应用，kontakteUR 阐明了生物分子功能，并有助于靶向蛋白质设计，其结果也适于进一步由人工智能算法进行处理。

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🏷️ 分子相互作用 结构生物学 蛋白质复合物 接触空间表征 高通量分析 蛋白质设计