病毒RNA作为对偶图：扩展RNA的模体宇宙

在不断演变的 RNA 研究领域中，对 RNA 模体的分类与分析对于揭示调控细胞与病毒过程的复杂机制至关重要。在此，我们应用粗粒化的 RAG（RNA-As-Graphs）框架，以推进 RNA 模体的分类与理解，重点通过纳入新的病毒 RNA 结构来扩展 RNA Motif Atlas。通过利用 RAG 对偶图表示分析来自蛋白质数据库（PDB）的 273 个经实验解析的病毒 RNA 结构，我们鉴定出 14 种此前未被编目的病毒 RNA 模体。这些模体包括 tRNA 模拟结构域、抗外切核糖核酸酶结构域以及内部核糖体进入位点，它们将 RNA 对偶图模体的多样性扩展至总计 197 种。我们应用了 k-means、PAM 和 Ward 聚类方法，并观察到病毒 RNA 与一般 RNA 之间存在显著重叠。扩展后的 RNA 模体与子模体库为模体发现和 RNA 设计提供了资源。

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