用于以编程方式访问统一处理的 RNA-seq 数据的 recount3 Python 软件包

recount3 在线资源提供了来自人类和小鼠的大规模统一处理 RNA-seq 样本，数量达数万，数据来源于 Sequence Read Archive 等主要测序存储库。尽管这些数据集的访问传统上主要集中于 R/Bioconductor 生态系统，但 Python 在生物信息学和机器学习中的影响力日益提升，因此迫切需要面向 Python 用户的原生且高效的工具。因此，我们提出了 recount3 Python 软件包，其具备健壮的应用程序编程接口（API）和命令行接口（CLI），用于发现、下载并实例化 recount3 资源。该软件协调统一资源定位符（URL）解析、持久化磁盘缓存，以及将数据自动解析为可直接用于分析的数据结构，包括 Pandas DataFrame 和 BiocPy RangedSummarizedExperiment 对象。recount3 Python 软件包显著降低了在基于 Python 的计算流程中大规模利用 RNA-seq 数据的门槛，弥合了海量公共转录组数据与现代机器学习生态系统之间的鸿沟。

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