增量式抗菌药物耐药性（AMR）获得驱动基因型连续替代，并促使广泛耐药（XDR）宋内志贺菌在澳大利亚20年间兴起。

背景 在澳大利亚，志贺菌病的疾病负担主要集中于归国旅行者或男男性行为者（MSM）。在本研究中，我们将基因组数据与关于性暴露和国际旅行的全面流行病学数据相结合，以探讨宋内志贺菌（Shigella sonnei）的人群动态，以及多重耐药（MDR）和广泛耐药（XDR）亚谱系的扩张。 方法 本研究对澳大利亚维多利亚州2002年1月至2024年12月期间所有培养分离的宋内志贺菌菌株开展了一项人群水平研究。微生物诊断单位公共卫生实验室对1,305株宋内志贺菌分离株进行了抗菌药物敏感性检测、全基因组测序和生物信息学分析。通过监测表或访谈收集了关于来源归因的增强型元数据，包括旅行史和性暴露信息。 结果 本研究强调了维多利亚州宋内志贺菌病例的显著变化：由敏感菌株转变为多重耐药菌株，继而发展为广泛耐药菌株，这一趋势在与MSM相关的人群中尤为明显，但也与一次大规模点源暴发相关。我们描述了基因型流行情况历史性变迁的模式，以及在过去十年中，耐药性向更多样化且更高比例的方向替代演变，最终导致维多利亚州内两个彼此不同但高度令人担忧的广泛耐药亚谱系的确立。 结论 我们的基因组—流行病学分析表明，耐药宋内志贺菌仍然是持续存在的公共卫生威胁，并凸显了持续监测的重要性。我们确定了其本地进化轨迹，并识别出正在扩张的亚谱系，这些发现为临床管理和抗菌药物推荐策略随时间的调整提供了依据，包括阿奇霉素和碳青霉烯类药物的使用。将这些地方性动态置于更广泛的全球流行病学背景之下，我们揭示了区域进化如何与国际传播相互关联，从而为指导地方、国家及全球层面的暴发预防和抗菌药物耐药性应对策略提供了重要背景。

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