长期隔离与基因渐渗塑造了赖斯鲸基因组的独特性

物种复杂的人口统计历史，包括种群规模变化、隔离和基因流，会塑造遗传变异模式和有害遗传负荷。在小型且持续衰退的种群中，理解这些过程对于预测近交衰退和灭绝风险至关重要。 莱斯鲸（Balaenoptera ricei）是一种新近描述的须鲸物种，栖息于高度工业化的墨西哥湾，当前种群数量估计为51头（95% CI：20–130），使其成为全球最濒危的须鲸之一。我们利用25个个体的全基因组序列，重建了莱斯鲸的进化与人口统计历史，并评估了其基因组健康状况。 我们的分析进一步证实了其相对于布氏鲸的独特性，并表明莱斯鲸作为墨西哥湾中一个小型且隔离的种群，已持续存在了数万年。尽管其长期有效种群规模较小，但基因组显示近交的影响较为有限，包括仅存在少量长片段纯合区。我们检测到大约350年前一次来自类似布氏鲸谱系的明显基因渗入事件，该事件在莱斯鲸基因组中造成了杂合度升高的窗口，但并未改变有害变异负担。前向模拟表明，近期种群崩溃至100个繁殖个体，使该物种面临较高的未来近交和基因组退化风险，除非种群数量得以恢复增长。 这些发现强调，尽管基因流能够提高遗传多样性，但要缓解长期基因组风险，人口统计学上的恢复仍然至关重要，这进一步凸显了促进种群持续增长的管理措施的重要性。

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