狗与狼的联合谱系揭示犬科基因组的演化

犬与其现存最近亲——灰狼——约在3万年前发生分化，但此后经历了复杂的基因流动历史，涉及其他犬科动物、因与人类密切共生而产生的适应性压力，以及不断变化的气候。我们利用现有全基因组数据推断犬、灰狼和郊狼的联合谱系，以重建塑造犬基因组的进化力量。这些谱系揭示了多次犬所特有的强烈突变率脉冲，其中包括可在过去一万年的古代犬中检测到的信号。我们进一步检测到净化选择的广泛谱系学特征，并发现GC偏向性基因转换是驱动犬基因启动子周围多样性模式的主要因素。 我们提出了一种新的基于谱系的选择扫描方法TwigScan，该方法计算按时间分层的分化，从而较传统基于FST的方法具有更高的检出力。将这一框架与第二种用于检测犬群体内部较近期选择的单群体检验结合应用后，我们识别出多个具有正选择特征的已知和新发现位点。其中，围绕淀粉酶2B位点的区域显示出来自一个深度分化、尚未取样的犬科谱系的渗入证据，其分化程度可与豺相当。AMY2B拷贝数扩增似乎仅发生在这一渗入单倍型上，而该单倍型的频率约在7000—8000年前上升，这与人类群体对富含淀粉饮食依赖程度增加的时间相一致。 综合来看，这些结果表明，突变率变异、基因转换、选择以及种间基因流动如何共同塑造了犬基因组，并凸显了谱系学方法在解析复杂进化历史方面的强大能力。

该网站正在使用一项安全服务来保护自身免受在线攻击。您刚刚执行的操作触发了该安全解决方案。可能触发此拦截的行为包括提交某个特定单词或短语、SQL 命令或格式错误的数据。

您可以向网站所有者发送电子邮件，告知其您已被拦截。请在邮件中说明当该页面出现时您正在进行的操作，并附上本页底部显示的 Cloudflare Ray ID。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.18.729863v1?rss=1

🏷️ 犬科进化 群体基因组学 基因流动 正选择扫描 GC偏向性基因转换 AMY2B适应