OmniPath Metabo：用于研究代谢组的化学结构、相互作用与机制

组学数据的机制性与功能性分析在很大程度上依赖于先验知识的整合；然而，将代谢组学数据与相关知识连接起来仍然是一项重大的方法学挑战。这主要是由于多样化的先验知识分散在众多数据库之中，需要跨化学结构、标识符以及不同层次的结构特异性对不同数据库记录进行整合。因此，这限制了对代谢组的机制性解释和功能表征。 在此，我们提出 OmniPath Metabo——一个全面、协调统一、以代谢组为中心的数据库，涵盖代谢物、脂质、食源性化合物和小分子药物，以及与之相关的受体、转运体、酶、反应、变构调节因子和疾病关联。OmniPath Metabo 通过受控词汇表与本体论、结构信息以及内置化学信息学方法来统一各类属性，用于映射标识符并追踪歧义。OmniPath Metabo 直接构建于 40 多个原始资源之上，并可通过交互式网页应用和 API 在 `metabo.omnipathdb.org` 免费访问。 OmniPath Metabo 支持动态、情境特异性的子网络构建，以服务于特定目的，例如细胞间通信或整合式多组学中的代谢物驱动调控，能够连接反应、变构调控、代谢物-受体相互作用以及代谢物-转运体相互作用。结合 OmniPath 中另外 170 多个资源，它还可用于构建信号传导、基因调控和代谢的整合网络。 我们通过分析公开可用的肺癌细胞系代谢组学数据，以及代谢特征与突变模式之间的关系，展示了 OmniPath Metabo 的应用。总之，OmniPath Metabo 将碎片化资源转化为一个协调统一的先验知识框架，用于代谢组的机制性与功能性分析。

本网站正在使用一项安全服务来保护自身免受在线攻击。您刚才执行的操作触发了该安全解决方案。可能触发此拦截的操作有多种，包括提交某些词语或短语、SQL 命令或格式错误的数据。

您可以向网站所有者发送电子邮件，告知您被拦截的情况。请在邮件中说明当该页面出现时您正在进行的操作，并附上本页面底部显示的 Cloudflare Ray ID。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.18.733117v1?rss=1

🏷️ 代谢组学 数据库整合 化学信息学 多组学分析 代谢网络 先验知识库