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特发性肺纤维化（IPF）以复杂的肺组织结构和空间异质性的重塑为特征，这阻碍了对疾病进展过程中细胞内在活性与细胞间通讯的整合分析。在本研究中，我们利用 Xenium 5k panel 对 6 例 IPF 肺组织样本中的超过 63 万个细胞进行了分析，并开发了一种以上皮为中心的邻域特征分析框架，该框架基于每个上皮细胞周围的局部细胞组成。该方法无需预先定义组织学区域，即可捕捉与纤维化相关的上皮微环境变化。对这些特征进行伪时间连续体推断，重建出一条连续轴线，反映了纤维化重塑在空间上的进展过程，即从相对保留的肺泡区域到纤维化及气道样重塑区域。 在该空间数据集中，我们描绘了沿同一轴线发生的协同变化，包括上皮状态、局部微环境、上皮细胞内通路活性以及与邻近细胞类型之间的定向相互作用。我们的研究结果提供了一个空间分析框架，可为 IPF 中进行性上皮微环境重塑提出可检验的假设。
以肺上皮为中心的邻域特征轨迹推断重建了特发性肺纤维化中的伪时间连续体 | bioRxiv
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以肺上皮为中心的邻域特征轨迹推断重建了特发性肺纤维化中的伪时间连续体
Satoshi Nakamura， Kazuya Tsubouchi， Yoshihiro Yamamoto， Tomotsugu Takano， Kosei Nakatsuru， Tomoyoshi Takenaka， Mikiko Hashisako， Yoshinao Oda， Isamu Okamoto
doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.15.732243
Satoshi Nakamura 1 日持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。 本文依据 CC-BY 4.0 国际许可协议公开提供。
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发表于 2026 年 6 月 18 日。
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以肺上皮为中心的邻域特征轨迹推断重建了特发性肺纤维化中的伪时间连续体
Satoshi Nakamura， Kazuya Tsubouchi， Yoshihiro Yamamoto， Tomotsugu Takano， Kosei Nakatsuru， Tomoyoshi Takenaka， Mikiko Hashisako， Yoshinao Oda， Isamu Okamoto
bioRxiv 2026.06.15.732243； doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.15.732243
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以肺上皮为中心的邻域特征轨迹推断重建了特发性肺纤维化中的伪时间连续体
Satoshi Nakamura， Kazuya Tsubouchi， Yoshihiro Yamamoto， Tomotsugu Takano， Kosei Nakatsuru， Tomoyoshi Takenaka， Mikiko Hashisako， Yoshinao Oda， Isamu Okamoto
bioRxiv 2026.06.15.732243； doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.15.732243
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.15.732243v1?rss=1
🏷️ 特发性肺纤维化 空间转录组 伪时间分析 上皮微环境 细胞间通讯