从跨物种空间转录组学中解析共享与分化的组织结构

空间转录组学（ST）数据的跨物种整合对于跨物种研究和转化研究至关重要，但由于不同生物体之间存在分子差异和解剖结构差异，这一任务仍然充满挑战。我们提出了 STACAME，这是一种基于图注意力自编码器的框架，通过显式建模同源基因和物种特异性基因，用于解析跨物种 ST 数据中共享与分化的组织结构。 STACAME 以具有空间感知能力的方式对齐 ST 切片，识别同源结构域和物种特异性结构域，并支持一系列下游比较分析。我们通过整合来自多种组织的 ST 数据集展示了其效用，这些组织包括海马体、新皮层、胚胎、乳腺、肝脏和小脑，涉及人类、猕猴、狨猴、小鼠和斑马鱼等多个物种。STACAME 支持跨物种空间结构域对齐、共享与分化空间可变基因的检测、发育过程的对齐与比较，以及组织结构的三维整合。这种灵活的方法促进了从模式生物到人类的研究发现转化，为跨物种空间转录组学提供了统一的计算平台。

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🏷️ 空间转录组学 跨物种整合 图注意力自编码器 组织结构对齐 同源基因 计算框架