单倍型分辨的基因组构象图谱揭示了人类同源染色体之间普遍存在的结构异质性

解析具有单倍型特异性的染色质三维结构，仍然是理解健康发育和疾病状态下基因调控中遗传与表观遗传因素贡献的一项基础性挑战。依赖连接反应的方法所获得的染色质接触的单倍型分相，有赖于较高的单核苷酸变异（SNV）密度，这限制了其在人类基因组中的适用性，因为人类基因组中的SNV分布较为稀疏。本文提出CoPhasing，这是一种利用基因组构象图谱技术（Genome Architecture Mapping, GAM）内在单倍型保真性的策略；GAM作为一种非连接依赖的方法，能够在细薄核切片中天然捕获单倍型匹配的基因组邻域。CoPhasing通过与信息性读段的邻近关系，将不含SNV的读段归属到相应单倍型，从而即使在SNV稀疏区域也能实现高效且准确的分相。将CoPhasing应用于全基因组范围后，揭示了人类同源染色体之间广泛存在且此前难以获得的结构异质性，表明GAM CoPhasing在研究三维基因组组织中的等位基因特异性差异及其与基因调控和疾病的相关性方面具有强大能力。

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🏷️ 单倍型分辨 三维基因组 染色质构象 同源染色体 结构异质性 基因调控