ScriptManager：一个用于基因组学数据集可扩展且可重复的高分辨率分析平台

背景：基因组学和表观基因组学检测方法日益多样化，推动了数据格式、分析工作流程和图形生成工具的同步扩展。然而，用于数据分析和组装可发表质量图件的工具往往专门针对某一种特定检测方法，这极大限制了它们的互操作性和可重复性。 结果：我们发布了 ScriptManager v1.0，这是一个基于 Java 的框架，用于实现基因组学和表观基因组学数据模块化且可重复的分析与可视化工作流程。不同于现有专门针对单一检测类型的工具，ScriptManager 提供了一个统一且可扩展的框架，用于跨检测方法的可视化和工作流程可重复性。v1.0 版本新增了创新分析模块、GUI 会话日志记录、自动化单元测试与集成测试、教程以及扩展文档。它还通过 Singularity 容器、Anaconda 打包和 Galaxy XML 封装器，与更广泛的可重复性生态系统实现集成。我们展示了 ScriptManager 的 TagPileup 如何从本地单核执行扩展到在 Open Science Grid（OSG）上分布式运行的 10,305 个作业分析任务，并使完整工作负载在少于 2 小时的实际运行时间内完成。 结论：ScriptManager v1.0 提升了多种高分辨率基因组检测方法工作流程的可移植性、透明性和可重复性。通过将灵活的模块设计与现代可重复性标准相结合，ScriptManager 在探索性数据分析与正式的、可发表的图件生成之间搭建了桥梁。这些改进使研究人员能够以最少的配置，在多样化的计算基础设施上构建、共享并复现基因组分析。

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