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目的：模式物种对于生物学基础研究至关重要。尽管完整的基因组序列是遗传学研究的前提条件，但仅凭这一点还不够。理解基因组的三维组织同样重要，这使研究人员能够更真实地认识支配基因组功能的机制。在真菌模式生物粗糙脉孢菌（Podospora anserina）中，尽管其基因组序列早已建立，但其三维组织一直未知。在此，我们获得了首批 Hi-C 数据集，并提出了相关的三维模型，为科研界提供了有价值的资源，以便更好地整合多组学数据。 数据描述：Hi-C 实验以重复方式进行，使用从野生型真菌菌丝体中纯化的细胞核。共获得 4 个 FASTQ 文件（每个重复 2 个），并将其作为 3DGB 工作流程的输入，生成了 4 种不同输出分辨率的结果，以便在不同细节层次上观察 P. anserina 的基因组组织（50 kb、20 kb、10 kb 和 5 kb）。在研究人员已为该物种积累了大量传统组学数据（ChIP-seq、RNA-seq 等）的背景下，这些三维模型有助于补充基因组的线性表示，而线性表示传统上一直用于生物信息学分析。
丝状真菌粗糙脉孢菌（Podospora anserina）的 Hi-C 数据及其相关三维模型：用于可视化其染色体的空间组织 | bioRxiv
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丝状真菌粗糙脉孢菌（Podospora anserina）的 Hi-C 数据及其相关三维模型：用于可视化其染色体的空间组织
Goran Royer，Anakim Gualdoni，Pierre Poulain，Fabien Dumetz，Nadia Ponts，Pierre Grognet，Fabienne Malagnac，Gaelle Lelandais
doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.14.732207
Goran Royer 1 巴黎-萨克雷大学，法国国家科学研究中心，细胞整合生物学研究所； 在 Google Scholar 上查找该作者 在 PubMed 上查找该作者 在本站搜索该作者
Anakim Gualdoni 1 巴黎-萨克雷大学，法国国家科学研究中心，细胞整合生物学研究所； 在 Google Scholar 上查找该作者 在 PubMed 上查找该作者 在本站搜索该作者
Pierre Poulain 2 巴黎西岱大学，法国国家科学研究中心，理论生物化学实验室； 在 Google Scholar 上查找该作者 在 PubMed 上查找该作者 在本站搜索该作者 Pierre Poulain 的 ORCID 记录
Fabien Dumetz 3 法国国家农业、食品与环境研究院（INRAE），MycSA； 在 Google Scholar 上查找该作者 在 PubMed 上查找该作者 在本站搜索该作者
Nadia Ponts 4 法国国家农业、食品与环境研究院（INRAE）； 在 Google Scholar 上查找该作者 在 PubMed 上查找该作者 在本站搜索该作者 Nadia Ponts 的 ORCID 记录
Pierre Grognet 5 巴黎-萨克雷大学 在 Google Scholar 上查找该作者 在 PubMed 上查找该作者 在本站搜索该作者 Pierre Grognet 的 ORCID 记录
Fabienne Malagnac 5 巴黎-萨克雷大学 在 Google Scholar 上查找该作者 在 PubMed 上查找该作者 在本站搜索该作者 Fabienne Malagnac 的 ORCID 记录
Gaelle Lelandais 5 巴黎-萨克雷大学 在 Google Scholar 上查找该作者 在 PubMed 上查找该作者 在本站搜索该作者 Gaelle Lelandais 的 ORCID 记录
通讯作者： gaelle.lelandais{at}universite-paris-saclay.fr
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摘要
研究目标：模式物种是生物学基础研究中不可或缺的对象。尽管完整的基因组序列是开展遗传学研究的前提，但仅有这一点仍不足够。理解基因组的三维组织同样十分重要，这使研究人员能够更真实地认识支配基因组功能的机制。在真菌模式生物粗糙脉孢菌（Podospora anserina）中，尽管其基因组序列早已建立，但其三维组织仍然未知。在本研究中，我们获得了首批 Hi-C 数据集，并展示了相关的三维模型，为科研群体提供了一项宝贵资源，以更好地整合多组学数据。
数据描述：Hi-C 实验以重复方式进行，使用从野生型真菌菌丝体中纯化得到的细胞核。共获得 4 个 FASTQ 文件（每个重复 2 个），并将其作为 3DGB 工作流程的输入，生成 4 种不同输出分辨率的结果，用以在不同细节层级下观察 P. anserina 的基因组组织（50 kb、20 kb、10 kb 和 5 kb）。鉴于研究人员已掌握该物种大量传统组学数据（ChIP-seq、RNA-seq 等），这些三维模型有助于补充生物信息学分析中传统采用的基因组线性表征方式。
利益冲突声明
脚注
https://zenodo.org/records/20620736
版权
本预印本的。 本文依据 CC-BY 4.0 国际许可协议公开提供。
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发布于 2026 年 6 月 18 日。 下载 PDF 补充材料 数据/代码 电子邮件
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Goran Royer，Anakim Gualdoni，Pierre Poulain，Fabien Dumetz，Nadia Ponts，Pierre Grognet，Fabienne Malagnac，Gaelle Lelandais
bioRxiv 2026.06.14.732207； doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.14.732207
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丝状真菌粗糙脉孢菌（Podospora anserina）的 Hi-C 数据及其相关三维模型：用于可视化其染色体的空间组织
Goran Royer，Anakim Gualdoni，Pierre Poulain，Fabien Dumetz，Nadia Ponts，Pierre Grognet，Fabienne Malagnac，Gaelle Lelandais
bioRxiv 2026.06.14.732207； doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.14.732207
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.14.732207v1?rss=1
🏷️ Hi-C 三维基因组 染色体空间组织 粗糙脉孢菌 真菌基因组 多组学整合