黄石国家公园温泉微生物多样性测量中不同采样装置的效率差异

黄石国家公园（YNP）低生物量温泉水体的宏基因组表征仍然具有挑战性，因为微生物的回收受到过滤方法、样品保存、DNA 提取和测序策略的影响。我们采用三种适用于高温环境的过滤系统（Sterivex、Supor 和聚碳酸酯膜）、现场自动化 DNA 提取系统（Titan），以及基于 Illumina 短读长和 Oxford Nanopore Technologies（ONT）长读长平台的鸟枪法宏基因组测序，对 YNP 碱性温泉水体（62–90.5°C）中的嗜热微生物群落进行了表征。 在所有过滤系统和测序流程中，微生物群落始终以细菌为主（约占 90% 的测序 reads），而古菌仅占回收序列的不到 10%。优势微生物类群在所有方法中都能够被稳定且可重复地回收；然而，低丰度类群的回收在不同方法之间存在差异。这种变异性在采用聚碳酸酯滤膜过滤的样品中最为明显，这些样品表现出更大的重复间差异，以及对微生物物种检测的一致性较低。Thermocrinis ruber 及相关的 Aquificae 类群嗜热微生物主导了最高温的水体（78.5–90.5°C），而较温暖的流出通道水体（63.5–66.5°C）中则同时存在 T. ruber 和光合类群，包括聚球藻属（Synechococcus spp.）以及 Candidatus Thermochlorobacter aerophilum。古菌群落主要由与 Pyrobaculum 和 Thermoproteus 相关的类群构成。非度量多维尺度分析表明，群落整体结构在很大程度上不受过滤或测序方法的影响，而 α 多样性指标则显示，滤膜的选择会影响丰富度和多样性估计。 这些研究结果确定了适用于野外部署的工作流程，可用于低生物量嗜热水生系统的宏基因组表征，并表明在偏远采样条件下研究极端微生物群系时，整合过滤与测序策略具有重要意义。

黄石国家公园温泉微生物多样性测量中采样装置的差异性效率 | bioRxiv

跳转至主要内容

主页

关于

提交

提醒 / RSS

搜索此关键词

高级搜索

新结果

黄石国家公园温泉微生物多样性测量中采样装置的差异性效率

Jason M. Wood，

Scott Tighe，

Camilla Urbaniak，

Ceth W. Parker，

Nitin Kumar Singh，

Season Wong，

Brent M. Peyton，

Kasthuri Venkateswaran

doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.15.732322

Jason M Wood

1

喷气推进实验室；

在 Google Scholar 上查找该作者

在 PubMed 上查找该作者

在持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。

保留所有权利。未经许可不得转载。

返回顶部

上一项

下一项

发表于 2026 年 6 月 18 日。

下载 PDF

电子邮件

您的电子邮件

*

您的姓名

*

发送至

*

请输入多个地址（每行一个）或用逗号分隔。

您将要发送以下内容的电子邮件

黄石国家公园温泉微生物多样性测量中采样装置的差异性效率

邮件主题

（您的姓名）已从 bioRxiv 转发一个页面给您

邮件正文

（您的姓名）认为您可能希望查看 bioRxiv 网站上的此页面。

您的个人留言

验证码

此问题用于测试您是否为人类访客，并防止自动垃圾信息提交。

分享

黄石国家公园温泉微生物多样性测量中采样装置的差异性效率

Jason M. Wood，

Scott Tighe，

Camilla Urbaniak，

Ceth W. Parker，

Nitin Kumar Singh，

Season Wong，

Brent M. Peyton，

Kasthuri Venkateswaran

bioRxiv

2026.06.15.732322；

doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.15.732322

分享本文：

复制

引文工具

黄石国家公园温泉微生物多样性测量中采样装置的差异性效率

Jason M. Wood，

Scott Tighe，

Camilla Urbaniak，

Ceth W. Parker，

Nitin Kumar Singh，

Season Wong，

Brent M. Peyton，

Kasthuri Venkateswaran

bioRxiv

2026.06.15.732322；

doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.15.732322

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.15.732322v1?rss=1

🏷️ 温泉微生物 宏基因组测序 采样方法评估 嗜热微生物 微生物多样性