跨研究宏基因组学分析揭示尿路感染的独特微生物特征

背景：尿路感染（UTIs）是一个重大的公共卫生问题，而这一问题正因抗生素耐药性不断上升、治疗有效性下降以及复发患病率增加而愈加复杂。尽管尿路微生物组（urobiome）在尿路感染中可能发挥重要作用，但目前对其特征的认识仍然不足。 结果：为全面概述尿路微生物组，我们整合了7项公开可获得的鸟枪法宏基因组学研究，将微生物组成与临床感染状态或诊断结果相关联。群落水平分析揭示了不同的尿路微生物组聚类，每一类均由一种占优势的细菌分类单元所定义。基于基因组分辨率的宏基因组学分析获得了高质量的宏基因组组装基因组（MAGs），从而能够在多个分类群中进行系统发育重建、致病潜力预测以及抗菌药物耐药基因谱分析。随后，我们分析了具有临床重要性的物种大肠杆菌（Escherichia coli）的泛基因组，发现其基因组变异更多由系统型别而非分离来源或尿路感染状态所驱动，这支持了机会性感染模型。 结论：综上，我们的分析提供了一个系统性的跨研究尿路微生物组视角，强调了尿路微生物组的生态复杂性，以及在研究尿路感染时整合功能与系统发育信息的重要性。

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🏷️ 尿路感染 尿路微生物组 宏基因组学 抗菌药物耐药 泛基因组 系统发育分析