SOLiD-MaP：一种用于RNA上小分子结合位点定位的光近邻标记平台

靶向 RNA 的小分子正逐渐成为前景广阔的治疗手段，但其开发需要能够界定结合位点并评估 RNA 靶标选择性的方法。现有用于检测配体-RNA 相互作用的方法奠定了强有力的基础，然而其中许多依赖直接交联或共价捕获化学，而这类方法的性能取决于配体特异性探针设计、反应基团的兼容性以及局部反应几何构型。 在此，我们报道了用于突变谱分析的配体导向 RNA 单线态氧足迹法（Singlet Oxygen footprinting on RNA in a Ligand-Directed manner for Mutational Profiling，SOLiD-MaP），这是一种用于小分子-RNA 相互作用分析的光近邻标记平台。以 Mango-II 适配体和噻唑橙衍生物作为模型体系，我们确立了苯胺作为一种高效亲核试剂，可用于单线态氧介导的 RNA 标记，并证明了由配体局域化光敏化驱动的靶标选择性标记。我们进一步表明，可通过加入淬灭剂在化学上限制单线态氧扩散，从而调控标记选择性。最后，我们开发了成对逆转录终止检测方法以及结合下一代测序读出的突变谱分析方法，以推断配体近邻区域并明确定位结合位点。SOLiD-MaP 为研究小分子-RNA 识别提供了一种全新的正交策略，并有望支持以 RNA 为中心的作用机制研究。

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🏷️ RNA小分子相互作用 结合位点定位 光近邻标记 单线态氧足迹法 突变谱分析