通用蛋白中的插入序列证实纳米盐古菌归属于DPANN古菌，并提出了若干新的古菌主要类群。

Nanohaloarchaea 的系统发育位置一直存在争议；这些纳米级古菌曾被交替提出为 Haloarchaea 的姐妹群、DPANN-Archaea 的成员，或 Methanocellales 的姐妹群。通过筛查一组普适蛋白，我们鉴定出位于三个核糖体蛋白和一个 RNA 聚合酶亚基关键位置的四个插入，这些插入支持 Nanohaloarchaea 在 DPANN cluster II（sensu Dombrowski et al., 2020）内作为 Aenigmarchaea 的姐妹群分支。 对插入的分析以及 DPANN-Archaea 特有的单体引物酶的系统发育分析证实，存在一个稳健的演化支，将 Undinarchaea、Naiadarchaea 和 DPANN cluster II 归为一类，我们提议将其命名为 Nanostetteria。我们的插入分析还支持将 Altiarchaea 纳入 DPANN-Archaea，并提示存在一个在系统发育分析中尚未恢复出的新演化支：其中一个将 DPANN-Archaea 与 Stygia（Hadarchaea 及其近缘类群）归为一组，更大的一个则将这些谱系与 Acherontia（Thermococci 及其近缘类群）归为一组。 界定这一更大演化支的插入存在于核糖体蛋白 uS7 中，并且在 Thaumarchaea、Korarchaea 以及 Asgardarchaea 的一个亚群中也出现在相同位置。尽管 Thaumarchaea 中的该插入几乎可以肯定是由一次独立事件造成的，我们讨论了若干可解释 Korarchaea 和 Asgardarchaea 中对应插入的替代性假说。最后，我们注意到若干 MAG 注释错误的案例，这表明插入分析可用于识别系统归属具有误导性的蛋白质。在其他方面高度保守、参与翻译或转录的普适蛋白中存在插入，可能部分解释了某些古菌谱系——尤其是 DPANN-Archaea——中蛋白质高演化速率的现象。

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