通过公共本体 API 以编程方式访问 ICTV 病毒分类学

国际病毒分类委员会（ICTV）负责制定并维护通用的病毒分类体系。作为组织病毒世界的参考框架，它对于病毒学及相关领域至关重要。尽管其在科研和公共卫生中已被广泛使用，但对ICTV分类体系的程序化访问长期以来一直受到限制，这给需要最新病毒分类信息的数据库和生物信息学资源在集成、版本管理和互操作性方面带来了挑战。 为了解决这一问题，我们开发了一种利用基于本体的API的公共且可持续的解决方案。连续发布的ICTV主物种名单（MSL）版本被转换为结构化本体，并通过本体检索服务（OLS）部署为统一表示。该框架还提供ICTV-NCBI映射和辅助程序库，以便集成到下游系统中。由此，首次实现了通过稳定端点对当前和历史病毒分类单元名称、分类关系、元数据以及持久标识符的公共程序化检索。 更广泛地说，这项工作展示了一种通用策略，即将结构化生物学数据集转换为语义增强的图资源，并通过可扩展的公共API对外提供。这些进展增强了互操作性，减少了人工整理工作，并支持符合FAIR原则的病毒学分类数据管理和疫情大流行防范。

国际病毒分类委员会（ICTV）负责开发并维护一套通用的病毒分类体系。作为组织病毒世界的参考框架，该体系对病毒学及相关领域至关重要。尽管其已在科研和公共卫生中得到广泛应用，但对ICTV分类体系的程序化访问长期以来仍然有限，这给需要最新病毒分类信息的数据库和生物信息学资源在集成、版本管理和互操作性方面带来了挑战。为解决这一问题，我们开发了一种基于本体API的公开且可持续的解决方案。连续发布的ICTV主物种列表（MSL）被转换为结构化本体，并通过本体查询服务（OLS）部署为统一表示。该框架还提供ICTV-NCBI映射和辅助库，以便集成到下游系统中。由此，首次实现了通过稳定端点公开、程序化地检索当前和历史病毒分类单元名称、分类关系、元数据以及持久标识符。更广泛地说，这项工作展示了一种通用策略，即将结构化生物学数据集转化为通过可扩展公共API公开提供的、语义增强的图资源。这些进展增强了互操作性，减少了人工整理工作，并支持符合FAIR原则的病毒学分类数据管理和疫情大流行防备。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.16.732600v1?rss=1

🏷️ ICTV病毒分类 本体API 病毒分类数据 生物信息学互操作性 FAIR原则