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重组是 RNA 病毒进化的关键驱动力，但其在登革病毒（DENV）中的发生范围及进化意义仍未得到充分阐明。我们基于 Bacterial and Viral Bioinformatics Resource Center 获取的 6,905 条完整 DENV 基因组，开展了涵盖全基因组的系统重组筛查，这些基因组代表了全部四种血清型、82 个国家以及跨越八十年的采样时间（1944—2023 年）。借助 RDP5 中实现的七种互补性重组检测方法，我们识别出 66 个重组事件，涉及 53 条独特的重组序列，其中 29 个为首次报道。事件包括同基因型内重组（n = 18）、基因型间重组（n = 32）以及血清型间重组（n = 16），跨越 14 个基因型和四大洲，且未观察到显著的血清型层面富集（Cramer’s V = 0.054）。重组主要集中于非结构蛋白编码基因，其中 NS3 最为常见（19 个事件），其次为 NS5（17 个）和 NS2（12 个），而衣壳蛋白基因未检测到重组事件，这与其强功能约束一致。单核苷酸多态性分析证实，无论在重组区域还是非重组区域，重组体与其推断亲本之间的分化均较低。对 6,642 条序列进行的系统基因组分析显示，重组体与其主要亲本的聚类距离显著更近（p = 8.9 × 10^-6），且移除重组体并不会显著改变系统树拓扑结构（p = 0.898），提示重组片段较短限制了系统发育冲突。我们还提出了 RECOSIM——一种用于重组检测的无监督机器学习工具——其在模拟数据集（93.4% vs. 80.0%）和经验数据集（98.1% vs. 39.3%）上的精确率均高于 RDP5。总体而言，这些结果确立了重组作为 DENV 中一种广泛存在、跨血清型的现象，并对基因组监测、疫苗评估和进化推断具有重要意义。
重组是RNA病毒进化的关键驱动力，但其在登革病毒（DENV）中的发生范围及进化意义仍未被充分理解。我们对从细菌与病毒生物信息学资源中心获取的6,905条完整DENV基因组开展了全面的全基因组重组筛查，这些基因组涵盖全部四个血清型、82个国家以及八十年的采样时间跨度（1944—2023年）。利用RDP5中实现的七种互补性重组检测方法，我们在53条独特重组序列中鉴定出66个重组事件，其中29个为新近描述的事件。这些事件包括基因型内重组（n = 18）、基因型间重组（n = 32）和血清型间重组（n = 16），涉及14种基因型和四大洲，且在血清型层面未见显著富集（Cramer's V = 0.054）。重组主要集中于非结构蛋白基因中，其中以NS3（19个事件）、NS5（17个）和NS2（12个）最为常见，而衣壳基因中未发现重组事件，这与其较强的功能约束一致。单核苷酸多态性分析证实，重组体与其推定亲本在重组区和非重组区均表现出较低的序列分化。对6,642条序列的系统基因组学分析表明，重组体与其主要亲本的聚类距离显著更近（p = 8.9 × 10−6），且移除重组体并不会显著改变系统树拓扑结构（p = 0.898），这提示重组区段较短限制了系统发育冲突。我们还引入了RECOSIM，这是一种用于重组检测的无监督机器学习工具，在模拟数据集（93.4% 对 80.0%）和经验数据集（98.1% 对 39.3%）上均实现了高于RDP5的精确率。总体而言，这些结果确立了重组是DENV中一种广泛存在、跨血清型的现象，并对基因组监测、疫苗评估和进化推断具有重要意义。
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📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.14.732057v1?rss=1
🏷️ 登革病毒 基因组重组 RNA病毒进化 系统发育分析 无监督机器学习 基因组监测