森林破碎化对一种濒危树栖灵长类动物的遗传特征和微生物组的对比性影响

景观破碎化是生物多样性丧失的主要驱动因素之一，它能够重塑野生种群的遗传组成和微生物组。尽管通常认为破碎化会限制基因流动、削弱遗传多样性，并扰乱宿主相关的微生物群落，但这些响应通过不同路径产生，因此在同一种群内部可能出现分化。为了理解破碎化如何同时塑造种群遗传学和肠道微生物组，我们分析了沿破碎化梯度分布的濒危树栖黑吼猴（Alouatta pigra）粪便来源的宿主基因组和微生物组数据。随后，我们将这些数据与生态连通性、生境质量和种群统计学指标相结合，以识别遗传和微生物组变异及结构的驱动因素。多变量分析表明，遗传模式同时受到连通性和生境质量的影响，而微生物组变异主要由生境质量驱动。与“随着隔离程度增加、实际连通性降低会削弱基因流动”这一预期相反，猴群在破碎化最严重的区域表现出最强的基因流动信号，其遗传多样性高于连续森林中的猴群，且近交程度更低。亲缘关系和距离隔离模式表明，破碎化对移动行为具有性别特异性影响，在破碎化最严重的区域扰乱了通常的雄性短距离扩散模式。然而，肠道微生物组则呈现出符合预测的破碎化负面响应：处于高度破碎化生境中的个体具有较低的微生物多样性，并表现出与较低质量饮食及更高程度暴露于受扰环境相一致的组成变化。这些结果表明，在同一种群内部，对破碎化可出现相互对照的生物学响应：遗传模式很可能源于补偿性的行为可塑性，而微生物组模式则反映了局部生境退化。我们的研究结果强调，保护评估需要整合种群健康的多个维度，而不能依赖任何单一指标来判断破碎化的影响。

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