DMcloud：利用局部结构拟合进行中低分辨率冷冻电镜图谱的大分子结构建模

冷冻电子显微镜（cryo-EM）已成为结构生物学中用于解析大分子结构的一种重要实验方法。当冷冻电镜密度图的分辨率差于约 5 Å 时，将已知或预测的分子模型拟合到密度图中便成为一种常见的解释策略。然而，将生物分子模型准确拟合到冷冻电镜密度图中，尤其是对于大型大分子复合物而言，在输入结构模型含有误差或其构象不同于密度图所表征的构象时，仍然具有挑战性。在此，我们提出了 DMcloud，一种用于在冷冻电镜密度图中对蛋白质和核酸进行局部结构拟合的方法。DMcloud 并不强行将整个输入模型拟合到密度图中，而是将输入结构划分为若干局部区域，识别出受到密度支持的区域，去除未被支持的区域，并将保留的区域组装为最终模型。 我们在 176 张冷冻电镜密度图上对 DMcloud 进行了基准测试，其中包括包含蛋白质、DNA 或 RNA 的中等分辨率和高分辨率密度图。对于分辨率处于 5.0–10.0 Å 和 2.5–5.0 Å 范围内的电镜密度图，DMcloud 分别实现了平均序列建模覆盖率 0.49 和 0.70。对于 DNA/RNA 密度图，DMcloud 实现了平均序列覆盖率 0.75。在所有数据集上，DMcloud 在模型准确性、密度图-模型相关性以及建模覆盖率方面均持续优于现有方法。

本网站正在使用一项安全服务来保护自身免受在线攻击。您刚刚执行的操作触发了该安全解决方案。可能触发此拦截的操作有多种，包括提交某个特定词语或短语、SQL 命令或格式错误的数据。

您可以通过电子邮件联系网站所有者，告知其您被拦截。请在邮件中说明当该页面出现时您正在执行的操作，并附上本页面底部显示的 Cloudflare Ray ID。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.12.731990v1?rss=1

🏷️ 冷冻电镜 结构建模 局部结构拟合 大分子复合物 密度图解析 蛋白质核酸