一种新型高通量非连接酶依赖性定位方法用于检测病毒整合位点

整合的DNA元件是病毒学、功能基因组学和基因治疗中的核心对象，但当前的插入位点定位方法往往依赖限制性内切酶消化、连接反应或复杂的测序流程，这些方法会引入偏倚并限制位点回收率。在此，我们提出Terminal Mapping，这是一种无需限制性内切酶或DNA连接即可鉴定宿主-插入片段连接位点的高通量方法。该流程结合了从已知末端序列出发的线性扩增、单链产物富集、末端转移酶介导的poly-A加尾，以及用于Illumina或Oxford Nanopore测序的PCR扩增。 将该方法应用于经HIV-1和SIVmac251来源载体转导的Jurkat T细胞后，Terminal Mapping比反向PCR回收到了更多的HIV-1插入位点，重现了已知的整合偏好，并在长读长测序中表现出更高的稳健性。该方法揭示了HIV-1和SIVmac251共有但在数量上存在差异的整合热点，以及不同来源Jurkat细胞之间的显著差异。对来源于5'和3' LTR的读取序列进行比较，还为未整合病毒DNA提供了一种内部对照。因此，Terminal Mapping为跨载体和细胞环境分析整合遗传元件提供了一个快速且灵活的平台。

整合的DNA元件是病毒学、功能基因组学和基因治疗中的核心研究对象，但当前的插入位点定位方法通常依赖限制性内切酶消化、连接反应或复杂的测序流程，这些步骤会引入偏倚并限制回收效率。在此，我们提出末端定位（Terminal Mapping）方法，这是一种无需限制性内切酶或DNA连接的高通量方法，可用于识别宿主-插入片段连接位点。该流程结合了从已知末端序列出发的线性扩增、单链产物富集、末端转移酶介导的poly-A加尾，以及用于Illumina或Oxford Nanopore测序的PCR扩增。将该方法应用于经HIV-1和SIVmac251衍生载体转导的Jurkat T细胞时，末端定位比反向PCR回收到更多的HIV-1插入位点，重现了已知的整合偏好，并在长读长测序中表现出更高的稳健性。该方法揭示了HIV-1和SIVmac251共有但在数量上存在差异的热点位点，以及不同来源Jurkat细胞之间的显著差异。对来源于5'和3' LTR的读段进行比较，还为未整合病毒DNA提供了内部对照。因此，末端定位为跨载体和细胞环境分析整合遗传元件提供了一个快速而灵活的平台。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.11.731714v1?rss=1

🏷️ 病毒整合位点 高通量测序 Terminal Mapping HIV-1 基因治疗载体 插入位点检测