基于质谱测量数据识别天然蛋白质变体的 AliceDB 数据库与流程

区分同一物种内生物体的自然变异目前正在被深入研究，主要集中在遗传层面。不幸的是，在蛋白质基因产物层面对自然变异的研究并不常见，这主要是由于缺乏适当的数据库和生物信息学工具。研究蛋白质组/肽组的主要技术是质谱（MS）。在蛋白质组学/肽组学研究中，解释原始质谱数据的经典方法是使用包含代表性（规范）序列的数据库，这些序列定义了所研究生物体的蛋白质组。本文介绍了 AliceDB 数据库，该数据库包含科学文献中描述的超过 700 万种智人蛋白质序列自然变异的信息。AliceDB 数据库中的数据可通过广泛可得且常用的蛋白质组学数据解析软件加以利用。关于使用 AliceDB 数据库解释蛋白质组学数据的测试结果表明，考虑自然变异的存在可提高已鉴定蛋白质的数量和质量。此外，还可以方便地识别蛋白质序列变异，例如那些可能在医学上具有重要意义的变异。

区分单一物种内生物体的自然变异目前正被深入研究，主要集中在遗传层面。不幸的是，在蛋白质基因产物层面对自然变异体的研究并不常见，这主要是由于缺乏适当的数据库和生物信息学工具。用于研究蛋白质组/肽组的主要技术是质谱（MS）。在蛋白质组学/肽组学研究中，解释原始质谱数据的经典方法是使用包含代表性（规范）序列的数据库，这些序列定义了所研究生物体的蛋白质组。

本文介绍了AliceDB数据库，该数据库包含科学文献中所描述的人类（Homo sapiens）700多万个蛋白质序列自然变异的信息。AliceDB数据库中的数据可通过广泛可得且常用的蛋白质组学数据解析软件加以利用。关于使用AliceDB数据库解释蛋白质组学数据的测试结果表明，考虑自然变异的存在能够同时提高已鉴定蛋白质的数量和质量。此外，还能够方便地识别蛋白质序列变异体，例如那些可能在医学上具有重要意义的变异体。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.11.731579v1?rss=1

🏷️ 质谱蛋白质组学 天然蛋白变体 数据库构建 肽谱解析 人类蛋白质序列