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尽管免疫肽组学领域在过去几年中已取得了显著发展，但为了获得较为完整的免疫肽组图谱，仍然需要大量的细胞或组织材料作为输入。在此，我们提出了一个名为 TripleToolWF（源自 Triple Tool workflow）的简易平台，通过整合三种搜索引擎——PEAKS Online 12、结合 INFERYS 重评分的 Sequest HT 以及 MSFragger——的输出结果，以提高已鉴定和已定量免疫肽的数量。为评估假发现率（FDR），采用了诱捕（entrapment）策略。对于两个相互独立且先前已发表的细菌感染数据集，与表现最佳的单一搜索引擎相比，该平台将肽段鉴定数提高了 6–14%，将肽段定量数提高了 11–25%。如预期所示，肽段长度主要为 9–12 聚体，且通过 Immunolyser 2.0 严格多数投票方法预测，所得 9 聚体中超过 90% 为结合肽，这表明所鉴定的免疫肽具有较高置信度。FDR 通过针对打乱数据库进行的专门诱捕搜索加以监测。对结果合并前后得到的诱捕 FDR 进行了评估，结果表明，与表现最差的单一搜索引擎相比，结果合并后仅出现了轻微升高。在 40% 的实验中，该值甚至仍低于 1% 肽段 FDR 的目标阈值。与原始发表结果相比，在应用严格筛选条件后，高置信度细菌免疫肽的数量显著增加，其中单核细胞增生李斯特菌和牛分枝杆菌 BCG 项目分别提高了 53% 和 2800%。在这些新增的细菌序列中，所有 9 聚体序列均被 Immunolyser 2.0 的至少一种预测算法判定为结合肽，进一步说明其确实具有 HLA 结合特性。因此，TripleToolWF 提供了一种简便工具，可进一步增加基于质谱的免疫肽组学实验所获得的序列数量，从而有助于更深入地解析免疫肽组，并实现对疫苗候选物更为精细的优先级排序。
尽管免疫肽组学领域在过去几年中已取得了显著发展，但要获得相对完整的免疫肽组图谱，仍然需要大量的细胞或组织材料输入。在此，我们提出了一个名为 TripleToolWF（源自 Triple Tool workflow）的简易平台，通过整合三种搜索引擎——PEAKS Online 12、结合 INFERYS 重新评分的 Sequest HT，以及 MSFragger——的输出结果，以提高已鉴定和已定量免疫肽的数量。为评估假发现率（FDR），采用了诱捕（entrapment）方法。对于两个独立且先前已发表的细菌感染数据集，与表现最佳的单一搜索引擎相比，该平台将肽段鉴定数提高了 6–14%，将肽段定量数提高了 11–25%。所得肽段如预期主要为 9–12 聚体，并且通过 Immunolyser 2.0 的严格多数投票方法预测，获得的 9 聚体中有超过 90% 为结合肽，这表明所鉴定的免疫肽具有较高置信度。FDR 通过针对打乱数据库进行的专门诱捕搜索加以监测。所得诱捕 FDR 在结果合并前后均进行了评估，结果显示，与表现最差的单一搜索引擎相比，合并后仅出现轻微增加。在 40% 的实验中，该值甚至仍低于 1% 肽段 FDR 的目标阈值。与原始发表结果相比，在应用严格筛选条件后，单核细胞增生李斯特菌和牛分枝杆菌 BCG 项目中高置信度细菌免疫肽的数量分别显著增加了 53% 和 2800%。在这些新增的细菌序列中，所有 9 聚体序列均被 Immunolyser 2.0 的至少一种预测算法预测为结合肽，表明其确实具有 HLA 结合特性。因此，TripleToolWF 提供了一种简便工具，可进一步提高基于质谱的免疫肽组学实验中获得的序列数量，从而有助于更深入地解析免疫肽组，并为更精细的疫苗候选物优先级排序提供支持。
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.11.731513v1?rss=1
🏷️ 免疫肽组学 质谱鉴定 多搜索引擎整合 假发现率评估 HLA结合肽 疫苗候选筛选