PhyloZoo：一个用于 Python 中系统发育网络分析的统一框架

网状进化过程（即谱系发生合并的事件，如杂交、重组和水平基因转移）在自然界中广泛存在，但仅凭系统发育树无法对其进行表示。因此，系统发育网络已成为一种重要的建模工具。然而，现有软件通常依赖于特定的推断范式，并且在统一且可编程的环境中支持多种网络表示方面能力有限。 PhyloZoo 是一个开源的 Python 框架，降低了开发实用且易于使用的系统发育网络分析软件的门槛。它提供了涵盖该领域主要表示形式的数据结构与算法，并配备了专门的可视化工具，以及对所有主要系统发育文件格式的稳健输入/输出支持。其中特别强调半定向系统发育网络，这类网络能够显式表示根位置的不确定性，而迄今为止现有软件对其支持仍较为有限。 通过为开发可互操作工具提供共享基础，并提供支持计算证明和理论探索的组合层，PhyloZoo 使得面向网状进化的应用研究、方法学研究和理论研究能够实现可重复的工作流程。可用性与实现：PhyloZoo 采用 Python 实现，可通过 PyPI 安装；其源代码、文档和示例可在 https://github.com/nholtgrefe/phylozoo 获取。

网状进化过程（即谱系发生合并的事件，如杂交、重组和水平基因转移）广泛存在于自然界中，但仅凭系统发育树无法对其进行表征。因此，系统发育网络已成为一种重要的建模工具。然而，现有软件通常依赖于特定的推断范式，并且在统一且可编程的环境中支持多种网络表示方面能力有限。

PhyloZoo 是一个开源的 Python 框架，降低了开发实用且易用的系统发育网络分析软件的门槛。它提供了涵盖该领域主要表示方法的数据结构和算法，同时配备了专门的可视化工具，以及对所有主要系统发育文件格式的稳健输入/输出支持。其中特别强调半定向系统发育网络，这类网络能够显式表示根位置的不确定性，而迄今为止，现有软件对此类网络的支持仍然较为有限。通过为开发可互操作工具提供共享基础，并提供一个支持计算证明与理论探索的组合层，PhyloZoo 使得针对网状进化的应用研究、方法学研究和理论研究能够实现可重复的工作流程。

可获得性与实现：PhyloZoo 采用 Python 实现，可通过 PyPI 安装；其源代码、文档和示例可在 https://github.com/nholtgrefe/phylozoo 获取。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.09.731120v1?rss=1

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