HalluDesign-NA：将 HalluDesign 扩展用于从头核酸设计

AlphaFold3 已经彻底改变了生物分子结构及其相互作用的预测，包括对核酸进行原子级建模。然而，结构化且具有功能性的核酸从头设计仍然是一项重大挑战。在此，我们通过集成用于核酸序列优化与设计的 NA-MPNN，将 HalluDesign 框架扩展到核酸设计领域。该新框架 HalluDesign-NA 实现了序列—结构的迭代协同优化，从而促进核酸的从头设计。 在 ssDNA、ssRNA 和适配体设计任务上的计算基准测试表明，置信度评分（pLDDT、ipTM）均得到持续提升，这支持了在多种约束条件下（如序列长度、对称性和蛋白质结构背景）进行核酸从头设计的可行性。我们预期，HalluDesign-NA 将加速功能性核酸的从头设计，并推动其在生物技术和医学中的应用。HalluDesign-NA 的源代码可在 https://github.com/MinchaoFang/HalluDesign_NA 获取。

AlphaFold3 彻底改变了生物分子结构及其相互作用的预测，包括核酸的原子水平建模。然而，结构化且具有功能性的核酸的从头设计仍然是一项重大挑战。在此，我们将 HalluDesign 框架扩展至核酸设计，通过集成用于核酸序列优化与设计的 NA-MPNN，实现了这一目标。这一新框架 HalluDesign-NA 支持序列—结构的迭代协同优化，从而促进核酸的从头设计。

在 ssDNA、ssRNA 和适配体设计任务上的计算基准测试表明，其置信度评分（pLDDT、ipTM）持续提升，这支持了在多种约束条件下（如序列长度、对称性和蛋白质结构背景）进行核酸从头设计的可行性。我们预期，HalluDesign-NA 将加速功能性核酸的从头设计，并推动其在生物技术和医学中的应用。HalluDesign-NA 的源代码可在 https://github.com/MinchaoFang/HalluDesign_NA 获取。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.10.730767v1?rss=1

🏷️ 从头核酸设计 AlphaFold3 NA-MPNN 序列结构协同优化 适配体设计