宿主转录组与黏膜微生物组的整合分析揭示了人类肠道不同区域特异性的宿主—微生物组关联

宿主遗传塑造肠道微生物组组成，然而这一关系背后的生理机制仍知之甚少。表征宿主基因表达与黏膜微生物组之间的关联，为识别最有可能发生生理性相互作用的宿主通路和微生物类群提供了一条有前景的路径。然而，现有研究主要在急性疾病背景下以及结肠内开展，使得急性炎症背景之外的宿主—微生物组关联，以及发生在末端回肠等取样不足区域中的此类关联，尚未得到充分表征。为填补这些空白，我们对克罗恩病患者手术过程中获取的、来自三个肠道部位的肉眼无炎症组织进行了配对分析，包括全层切除标本的宿主基因表达谱和黏膜微生物组数据：末端回肠（n = 32）、盲肠（n = 35）和右侧结肠（n = 30）。采用包括 Procrustes 分析、稀疏典型相关分析和弹性网络回归在内的多层次分析框架，我们鉴定出黏膜转录组与微生物组之间的显著关联。在整个肠道范围内，富集于免疫和肠屏障完整性通路的基因与具有可遗传性的类群相关，包括

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🏷️ 肠道微生物组 宿主转录组 宿主-微生物互作 区域特异性 克罗恩病 黏膜免疫