最小五肽催化肽对淀粉样蛋白β的多位点切割：通过动态底物诱导锚定模拟丝氨酸蛋白酶活性

小型合成催化肽，即“catalytides”的开发，为靶向降解淀粉样蛋白β（Aβ）提供了一种颇具前景的治疗策略。其中，五肽SKGQA尽管尺寸极小，却能够模拟丝氨酸蛋白酶的蛋白水解活性。然而，如此短的肽链如何在多个位点实现有效切割，其分子机制仍不清楚。 在本研究中，我们采用HADDOCK对接和分子动力学（MD）模拟，研究了SKGQA与Aβ(17-42)区域之间的相互作用。结果表明，SKGQA通过一种高度动态的过程发挥作用：底物作为支架，从柔性的构象集合中稳定具有“类丝氨酸蛋白酶”特征的活性几何构型。我们鉴定出不同的“稳定结合”与“随机攻击”模式，这解释了该肽为何能够同时促进高概率切割和多位点切割。鉴于其极小的尺寸，与较大的蛋白酶相比，SKGQA在致密淀粉样环境中还可能具有更强的可及性。这些发现不仅为最小化酶功能提供了基础性认识，也为设计新一代高性价比的catalytides提供了变革性平台。

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最小五肽催化肽对淀粉样蛋白β的多位点切割：通过动态底物诱导锚定模拟丝氨酸蛋白酶活性

Fumiaki Ito，

Motomi Konishi，

Rina Nakamura，

Toshifumi Akizawa

doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.03.729455

Fumiaki Ito

1

预防药理学研究所；

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发表于 2026 年 6 月 8 日。

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Fumiaki Ito，

Motomi Konishi，

Rina Nakamura，

Toshifumi Akizawa

bioRxiv

2026.06.03.729455；

doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.03.729455

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最小五肽催化肽对淀粉样蛋白β的多位点切割：通过动态底物诱导锚定模拟丝氨酸蛋白酶活性

Fumiaki Ito，

Motomi Konishi，

Rina Nakamura，

Toshifumi Akizawa

bioRxiv

2026.06.03.729455；

doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.03.729455

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.03.729455v1?rss=1

🏷️ 催化肽 淀粉样蛋白β 多位点切割 分子动力学模拟 蛋白酶模拟