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我们比较了传统的数据依赖型采集质谱（DDA MS）与日益广泛采用的数据非依赖型采集质谱（DIA MS），以评估二者在肺部区室大规模定量生物流体蛋白质组学中的相对效用，特别是针对成对的支气管肺泡灌洗（BAL）细胞和支气管肺泡灌洗液（BALF）。 以铍相关肉芽肿性肺疾病为聚焦模型，我们采用两种采集策略分析了铍致敏（BeS）个体的BALF和BAL细胞，以评估蛋白质组覆盖深度、定量完整性和分析稳健性。在BAL细胞中，DDA MS鉴定到5,640种蛋白质，DIA MS鉴定到5,227种；然而，DIA MS显示出显著改善的定量完整性，在所有样本中可定量5,178种蛋白质（约99%），而DDA MS仅可定量3,539种（约63%）。尽管有3,397种蛋白质可被两种方法共同定量，DIA MS仍额外独特定量了1,781种低丰度蛋白质。通过DIA和DDA MS两种方法共同鉴定的蛋白质揭示了与肉芽肿性炎症相关的通路，包括Toll样受体信号通路、网格蛋白介导的内吞作用、sirtuin信号通路以及C型凝集素受体信号通路；而DIA MS进一步解析出额外通路，如补体级联、凝血系统以及JAK/IL-6型细胞因子信号通路。 在BALF中，尽管DDA MS鉴定到的蛋白质多于DIA MS（2,069种对1,742种），DIA MS仍实现了更高的定量完整性，在所有样本中可定量1,695种蛋白质，而DDA MS仅为1,050种，这进一步突显了DIA MS在肺液区室中面向生物标志物分析的适用性。 总体而言，这些结果支持DIA MS作为定量肺蛋白质组学及疾病相关蛋白特征发现的稳健且高灵敏度平台。 关键词：肉芽肿性炎症，铍致敏，慢性铍病，质谱，DDA MS，DIA MS
我们比较了传统的数据依赖型采集质谱（DDA MS）与日益广泛采用的数据非依赖型采集质谱（DIA MS），以评估二者在肺部区室大规模定量体液蛋白质组学中的相对效用，具体聚焦于配对的支气管肺泡灌洗（BAL）细胞和支气管肺泡灌洗液（BALF）。
以铍相关肉芽肿性肺病为聚焦模型，我们采用这两种采集策略分析了铍致敏（BeS）个体的BALF和BAL细胞，以评估蛋白质组覆盖深度、定量完整性和分析稳健性。在BAL细胞中，DDA MS鉴定出5,640种蛋白质，DIA MS鉴定出5,227种；然而，DIA MS显示出显著更高的定量完整性，在所有样本中定量了5,178种蛋白质（约99%），而DDA MS仅定量了3,539种（约63%）。尽管有3,397种蛋白质可被两种方法共同定量，DIA MS仍可独特定量1,781种低丰度蛋白质。通过DIA和DDA MS两种方法共同鉴定的蛋白质揭示了与肉芽肿性炎症相关的通路，包括Toll样受体、网格蛋白介导的内吞作用、沉默信息调节因子蛋白（sirtuin）以及C型凝集素受体信号通路；而DIA MS进一步解析出其他附加通路，如补体级联、凝血系统以及JAK/IL-6型细胞因子信号通路。
在BALF中，尽管DDA MS鉴定的蛋白质数量多于DIA MS（2,069比1,742），DIA MS仍实现了更高的定量完整性，在所有样本中定量了1,695种蛋白质，而DDA MS为1,050种，这突显了DIA MS在肺液区室中面向生物标志物分析的适用性。
综上，这些结果支持DIA MS作为一种稳健且高灵敏度的平台，用于定量肺部蛋白质组学研究以及疾病相关蛋白特征的发现。关键词：肉芽肿性炎症，铍致敏，慢性铍病，质谱，DDA MS，DIA MS
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.04.730108v1?rss=1
🏷️ 蛋白质组学 质谱分析 慢性铍病 肉芽肿性炎症 支气管肺泡灌洗 生物标志物发现