靶向柠檬酸转运蛋白 NaCT（SLC13A5）中的变构结合位点

Na+-依赖性柠檬酸转运体 NaCT（SLC13A5）是柠檬酸稳态的关键调节因子，并已成为代谢性和神经系统疾病的治疗靶点，其中包括 SLC13A5 癫痫，这是一种以严重癫痫发作和神经发育迟缓为特征的罕见疾病。当前的 NaCT 抑制剂为底物样分子，通过竞争性结合底物结合位点发挥作用。 在本研究中，我们通过靶向位于二聚体界面的一个推定别构位点，鉴定出此前未知的 NaCT 小分子抑制剂。我们针对该位点，对来自 ZINC20 数据库的 350 万个化合物进行了虚拟筛选，并选取其中 54 个候选化合物，利用基于细胞的柠檬酸摄取实验进行实验测试。通过初步实验，我们鉴定出三种弱抑制剂；随后对 26 种结构相关类似物的评估得到六种效力更优的化合物（IC = 12.78 M 和 15.49 M）。随后，我们结合结构数据、深度突变扫描证据以及与同源结构的比较，对该推定结合位点进行了进一步分析。该分析强调了关键残基（如 Phe362）在配体调节中的重要性。这些发现揭示了一个具有前景的别构口袋，并确立了一类在化学结构上不同于已有分子的 NaCT 抑制剂，为理性开发 NaCT 功能的药理学调节剂奠定了基础。

Na+-依赖性柠檬酸转运蛋白 NaCT（SLC13A5）是调控柠檬酸稳态的关键因子，并已成为代谢性和神经系统疾病的治疗靶点，其中包括 SLC13A5 癫痫——一种以严重癫痫发作和神经发育迟缓为特征的罕见疾病。当前的 NaCT 抑制剂为底物样分子，通过竞争性结合底物结合位点发挥作用。在本研究中，我们通过靶向位于二聚体界面的一个推定别构位点，鉴定出此前未知的 NaCT 小分子抑制剂。我们针对该位点对 ZINC20 数据库中的 350 万个化合物进行了虚拟筛选，并选取了 54 个候选化合物，采用基于细胞的柠檬酸摄取实验进行实验测试。通过初步实验，我们鉴定出 3 个弱抑制剂；随后对 26 个结构相关的类似物进行评估，得到 6 个效力更优的化合物（IC = 12.78 M 和 15.49 M）。随后，我们通过整合结构数据、深度突变扫描证据以及与同源结构的比较，对该推定结合位点进行了进一步分析。该分析强调了关键残基（如 Phe362）在配体调控中的重要性。这些发现揭示了一个具有前景的别构口袋，并确立了一类在化学结构上不同于既有分子的 NaCT 抑制剂，为 NaCT 功能药理调节剂的理性开发奠定了基础。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.04.730233v1?rss=1

🏷️ NaCT转运蛋白 SLC13A5 变构抑制剂 虚拟筛选 柠檬酸转运 药物发现