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背景：生物医学文献的快速增长亟需以本体为引导、系统化地发现基因相互作用、疫苗机制、药物关联以及不良事件。现有平台如 STRING、DisGeNET 和 PubTator 尚未提供一个统一且可自由访问的系统，无法同时整合基于本体的语义相互作用分类、以疫苗为中心的异构网络构建以及人工智能辅助证据检索。 结果：Ignet 2.0 和 Vignet 是可自由访问的双平台系统，结合了 PubMed 文献挖掘、基于 BioBERT 的数百万基因—基因共现对相互作用评分，并整合了三个生物医学本体和一个经人工整理的药物资源，即相互作用网络本体（Interaction Network Ontology, INO）、疫苗本体（Vaccine Ontology, VO）、人类疾病本体（Human Disease Ontology, HDO）以及 DrugBank。Ignet 2.0 支持基因相互作用发现、基因集富集检索、基于 BioBERT 评分的 GenePair 证据获取，以及通过 BioSummarAI 实现的人工智能辅助摘要生成。Vignet 在此基础上进一步扩展了这些功能，提供 VO 引导的疫苗探索、VacPair 相互作用评分，以及在 VacNet 中构建疫苗、基因、药物和疾病网络。公开的表述性状态转移应用程序编程接口（REST API）和模型上下文协议（MCP）端点支持实时集成，从而增强生物医学知识发现的可信度。 结论：Ignet 2.0 和 Vignet 是可扩展的、以本体为引导的生物医学知识平台，能够促进基于证据的基因相互作用分析、以疫苗为重点的语义探索以及人工智能辅助知识发现。其与 PubMed 数据的实时整合可确保洞见的时效性；然而，用户仍需考虑验证流程以及纳入最新实验数据时可能存在的延迟，这些因素可能影响即时数据的可靠性。 可用性：Ignet 2.0：https://ignet.org/ignet；Vignet：https://ignet.org/vignet/
背景：生物医学文献的不断扩展，迫切需要对基因相互作用、疫苗机制、药物关联及不良事件开展系统性的、本体引导的知识发现。现有平台如 STRING、DisGeNET 和 PubTator，尚不足以提供一个统一、可自由访问的系统，用于整合基于本体的语义相互作用分类、以疫苗为中心的异构网络构建以及人工智能辅助的证据检索。
结果：Ignet 2.0 和 Vignet 是可自由访问的双平台系统，结合了 PubMed 文献挖掘、基于 BioBERT 的数百万基因-基因共现对相互作用评分，并整合了三个生物医学本体和一个人工整理的药物资源，即相互作用网络本体（Interaction Network Ontology, INO）、疫苗本体（Vaccine Ontology, VO）、人类疾病本体（Human Disease Ontology, HDO）以及 DrugBank。Ignet 2.0 支持基因相互作用发现、基因集富集检索、生物医学文献中经 BioBERT 评分的 GenePair 证据检索，以及通过 BioSummarAI 实现的人工智能辅助摘要生成。Vignet 在此基础上进一步扩展了这些功能，提供 VO 引导的疫苗探索、VacPair 相互作用评分，以及在 VacNet 中构建疫苗、基因、药物和疾病网络。公开的表述性状态转移应用程序编程接口（REST API）和模型上下文协议（MCP）端点可实现实时集成，从而增强生物医学知识发现的可信性。
结论：Ignet 2.0 和 Vignet 是可扩展的、本体引导的生物医学知识平台，可促进基于证据的基因相互作用分析、以疫苗为中心的语义探索以及人工智能辅助的知识发现。其与 PubMed 数据的实时集成确保了见解的时效性；然而，用户仍应考虑验证流程以及整合最新实验数据时可能存在的滞后，这些因素可能影响即时数据的可靠性。
可用性：Ignet 2.0：https://ignet.org/ignet；Vignet：https://ignet.org/vignet/
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.02.729682v1?rss=1
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