透明细胞肾细胞癌恶性演化机制的单细胞多组学解析及预后模型构建

透明细胞肾细胞癌（ccRCC）在 WHO 组织学分级之间表现出显著的异质性，然而，系统表征这些转变过程的单细胞多组学研究仍然有限。我们整合了不同 ccRCC WHO 分级的 scRNA-seq 和 scATAC-seq 数据，建立了一个涵盖肿瘤细胞和免疫细胞群体的多组学研究框架。利用拟时序轨迹分析和机器学习集成方法，我们基于转录调控网络核心节点构建了一个预后特征模型（CBG）。 我们发现，在肿瘤细胞中，表观遗传改变始终先于代谢重编程和侵袭性适应。CD8+ T 细胞耗竭沿着由 IRF7 调控状态向 ZNF683 调控状态转变的轨迹发展，而单核细胞则分化为分别由 NFIC/IL1B 和 CEBPD/GLI2 协同调控的 M1 和 M2 巨噬细胞。细胞间通讯网络显示出从炎症、经由血管重塑、最终到免疫抑制占优势的时间性演进过程。 CBG 特征模型在独立队列中表现出稳健的性能，并鉴定出 SLC11A1 和 SH3YL1 作为具有拮抗作用的生存决定因子。本研究阐明了 ccRCC 分级进展背后的动态分子机制和免疫学机制，为亚型特异性的预后评估和精准治疗靶向提供了坚实框架。

透明细胞肾细胞癌（ccRCC）在 WHO 组织学分级之间表现出显著的异质性，然而，系统表征这些转变的单细胞多组学研究仍然有限。我们整合了跨 ccRCC WHO 分级的 scRNA-seq 和 scATAC-seq 数据，建立了一个涵盖肿瘤细胞与免疫细胞群体的多组学分析框架。基于拟时序轨迹分析和机器学习集成方法，我们从转录调控网络的核心节点中构建了一个预后特征模型（CBG）。我们发现，在肿瘤细胞中，表观遗传改变始终先于代谢重编程和侵袭性适应发生。CD8+ T 细胞耗竭沿着一条由 IRF7 调控状态向 ZNF683 调控状态转变的轨迹发展，而单核细胞则分化为由 NFIC/IL1B 和 CEBPD/GLI2 协同调控的 M1 和 M2 巨噬细胞。细胞间通讯网络显示出从炎症反应，经由血管重塑，最终走向免疫抑制主导的时间性进程。CBG 特征在独立队列中表现出稳健的预测性能，并鉴定出 SLC11A1 和 SH3YL1 为具有拮抗作用的生存决定因子。本研究阐明了 ccRCC 分级进展过程中动态的分子与免疫学机制，为亚型特异性的预后评估和精准治疗靶向提供了坚实框架。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.04.730125v1?rss=1

🏷️ 透明细胞肾细胞癌 单细胞多组学 scRNA-seq scATAC-seq 肿瘤微环境 预后模型