免疫表位数据库中修订后的适应性免疫受体数据

免疫表位数据库（Immune Epitope Database，IEDB，iedb.org）是一个可免费获取的资源，用于汇编经实验定义的免疫表位，以及——如果可获得——识别这些表位的免疫受体。目前，IEDB 记录了约 185,000 个 T 细胞受体和约 5,000 个 B 细胞受体/抗体，且其表位特异性均已得到实验验证。由于这些受体数据是从跨越数十年的约 3,300 篇参考文献中人工整理而来，命名不一致问题为计算分析和用户查询带来了挑战。为支持对整个数据集的整合分析，我们修订了 IEDB 受体数据标准化与验证流程，以标记并纠正不准确之处。来自 800 余项研究的异常受体被标记出来并重新整理。更新后的受体数据集通过一致的基因命名格式和统一的 CDR 序列界定，表现出更高的一致性。借助受体数据一致性的提升，IEDB 网络界面得以扩展，在主页中直接加入了受体检索功能，在细化受体检索中支持 V/J 基因和物种选项，并允许以自适应免疫受体库（Adaptive Immune Receptor Repertoire，AIRR）格式直接导出数据。我们预期，改进后的受体数据质量将简化生物信息学分析，并促进 IEDB 数据整合进入跨资源库的数据资源中，例如 AIRR Knowledge Commons。

免疫表位数据库（Immune Epitope Database，IEDB，iedb.org）是一个免费开放的资源库，用于收录经实验界定的免疫表位，以及——如有可用信息——识别这些表位的免疫受体。目前，IEDB 记录了约 185,000 个具有实验验证表位特异性的 T 细胞受体，以及约 5,000 个 B 细胞受体/抗体。由于这些受体数据是从跨越数十年的约 3,300 篇参考文献中人工整理而来，命名不一致给计算分析和用户查询带来了挑战。为支持对整个数据集的整合分析，我们修订了 IEDB 受体数据标准化与验证流程，以标记并纠正其中的不准确之处。来自 800 余项研究的异常受体被标记出来并重新整理。更新后的受体数据集通过一致的基因命名格式和统一的 CDR 序列界定，表现出更高的一致性。得益于受体数据一致性的提升，IEDB 网络界面已扩展为可在首页直接提供受体搜索功能，在高级受体搜索中支持 V/J 基因和物种选项，并允许以适应性免疫受体库（Adaptive Immune Receptor Repertoire，AIRR）格式直接导出数据。我们预计，改进后的受体数据质量将简化生物信息学分析，并促进 IEDB 数据整合进入跨数据库资源体系，例如 AIRR Knowledge Commons。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.03.728549v1?rss=1

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