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栖息地破碎化会形成规模小且彼此隔离的种群，使其易受近交、遗传漂变以及高遗传负荷的影响。对于保护管理而言，必须区分当代景观阻力与历史种群统计过程在驱动这些遗传格局中的作用，尤其是在印度东北部这类保护优先区域，因为该地区横跨两大虎保护景观。我们利用粪便样本研究了印度东北部四个保护地——卡齐兰加、马纳斯、奥朗和纳梅里——虎种群的遗传结构与景观连通性。在两个野外季节共采集的741份样本中，我们确认其中654份来自老虎。通过对176份样本进行基于甲基化的富集和ddRAD-seq分析，我们获得了一个高质量数据集，包含44个个体的3091个SNP位点。 种群结构分析识别出三个遗传上显著分化的簇群：卡齐兰加—纳梅里、马纳斯和奥朗。距离隔离和景观阻力分别解释了观测到的遗传分化的13%和17%，其中人类聚居地会影响基因流。尽管奥朗与卡齐兰加在地理上接近且存在廊道，但奥朗表现出显著分化，这提示其经历了瓶颈后的奠基者效应；这一点也得到其较低杂合度（Ho = 0.21）、核苷酸多样性（π = 0.24）和有效种群大小（Ne = 1.3）的支持。这些发现表明，种群数量恢复与遗传恢复可能发生脱耦：奥朗种群近期虽已增长，但全基因组证据显示其遗传侵蚀仍在持续，而常规监测尚未检测到这一点。印度其他老虎种群中也有类似模式的报道，表明这种脱耦现象可能具有系统性。《昆明—蒙特利尔全球生物多样性框架》目标4要求开展明确的遗传多样性监测；本研究表明，非侵入性基因组学能够在与保护实践相关的尺度上将这一要求付诸实施。
栖息地破碎化会形成规模较小且彼此隔离的种群，使其易受近交、遗传漂变和高遗传负荷的影响。对于保护管理而言，必须区分当代景观阻力与历史种群过程在驱动这些遗传格局中的作用，尤其是在印度东北部这类保护优先区域；该地区横跨两个主要的虎保护景观。我们利用粪便样本，研究了印度东北部四个保护区——卡齐兰加、马纳斯、奥朗和纳梅里——虎种群的遗传结构与景观连通性。在两个野外季共采集的741份样本中，我们确认其中654份来自虎。通过对176份样本进行基于甲基化的富集和ddRAD-seq分析，我们获得了一个高质量数据集，包含44个个体的3091个SNP。种群结构分析识别出三个遗传上显著分化的簇群：卡齐兰加—纳梅里、马纳斯和奥朗。距离隔离和景观阻力分别解释了所观测遗传分化的13%和17%，其中人类聚落对基因流动产生了影响。尽管奥朗在地理上接近卡齐兰加且两地之间存在廊道，但其与卡齐兰加之间表现出显著分化，这提示其经历了瓶颈后的奠基者效应；这一点可由其较低的杂合度（Ho = 0.21）、核苷酸多样性（π = 0.24）和有效种群大小（Ne = 1.3）得到证明。这些发现表明，种群恢复与遗传恢复可能发生脱耦：奥朗种群近期虽然有所增长，但全基因组证据显示其遗传侵蚀仍在持续，而常规监测尚未检测到这一现象。印度其他虎种群中也有类似格局的报道，这表明此类脱耦现象可能具有系统性。《昆明—蒙特利尔全球生物多样性框架》目标4要求对遗传多样性进行明确监测；本研究表明，非侵入性基因组学能够在具有保护意义的尺度上将这一要求付诸实施。
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.02.729668v1?rss=1
🏷️ 种群遗传结构 景观遗传学 虎保护 栖息地破碎化 基因流 非侵入性基因组学