濒危奥尔塞斯蓝鞭尾蜥Holcosus orcesi的高连续性参考基因组组装

Holcosus orcesi，即 Orcés 蓝鞭尾蜥，是一种极危蜥蜴，特有于厄瓜多尔南部胡博内斯河上游流域。该物种仅分布于半干旱安第斯灌丛中的狭窄海拔带内，是一个主要由低地类群构成的谱系中少数山地成员之一。在此，我们提出了 H. orcesi 的首个高质量参考基因组，该基因组利用 Oxford Nanopore Technologies 长读长测序生成。该组装全长为 1.68 Gb，仅包含 91 条 contig，N50 为 76.2 Mb，BUSCO 完整度为 96.8%，使其成为迄今为止连续性和完整性最高的有鳞类基因组之一。结构注释预测出 25,682 个基因，其中 85% 与已知蛋白质具有同源性，45% 被赋予基因本体论术语。重复元件占基因组的 46.3%，其中 LINEs 为主要类别。该基因组为未来针对 H. orcesi 及其他山地爬行动物的进化、比较基因组学和保护基因组学研究提供了基础性资源，可支持对种群基因组学、局部适应以及孤立种群中基因组侵蚀的研究。通过扩展热带山地爬行动物的基因组代表性，这项工作有助于弥补全球生物多样性基因组学中长期存在的系统发育和地理空白，并为 H. orcesi 及相关类群的循证保护奠定基础。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.14.725226v1?rss=1

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