以细胞类型为中心的相互作用网络定义了肝内胆管癌的空间结构

肿瘤的空间组织对疾病进展和治疗反应具有关键影响，但目前仍缺乏清晰界定。肝内胆管癌（iCCA）是一种罕见且侵袭性强的肝脏恶性肿瘤，伴随广泛的基质和免疫重塑，因此为研究肿瘤结构提供了一个极具说服力的模型。我们利用53重空间蛋白质组学，对131例iCCA患者的100万个细胞构建了单细胞空间图谱。 为系统表征肿瘤的空间组织，我们开发了一种基于图的深度学习框架，用于定义以细胞类型为中心的相互作用网络，并识别出41种不同的多细胞空间模式。对这些网络的整合揭示了与患者结局相关的更高层级的肿瘤富集型和免疫富集型微环境。值得注意的是，中性粒细胞相关的肿瘤富集型和肿瘤荒漠型微环境划分出了具有相反临床结局且中性粒细胞状态不同的患者群体。上述发现进一步通过对162例iCCA患者600万个细胞进行单细胞空间转录组学分析得到了验证。 总体而言，本研究界定了iCCA的空间结构，并为探索肿瘤空间组织提供了全面的资源。

肿瘤的空间组织在很大程度上决定了疾病进展和治疗反应，但目前仍缺乏清晰界定。肝内胆管癌（iCCA）是一种罕见且侵袭性强的肝脏恶性肿瘤，伴随广泛的基质和免疫重塑，为研究肿瘤结构提供了一个极具说服力的模型。我们利用53重空间蛋白质组学，对来自131例iCCA患者的100万个细胞进行了分析，构建了单细胞空间图谱。

为系统表征肿瘤的空间组织，我们开发了一种基于图的深度学习框架，用于定义以细胞类型为中心的相互作用网络，从而鉴定出41种不同的多细胞空间模式。对这些网络进行整合后，揭示了与患者结局相关的更高阶肿瘤富集型和免疫富集型微环境。值得注意的是，中性粒细胞相关的肿瘤富集型和肿瘤荒漠型微环境划分出了临床结局相反、且中性粒细胞状态不同的患者群体。

这些发现进一步通过对来自162例iCCA患者的600万个细胞进行单细胞空间转录组学分析得到了验证。总之，本研究界定了iCCA的空间结构，并为探索肿瘤空间组织提供了全面的资源。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.02.729644v1?rss=1

🏷️ 肝内胆管癌 空间蛋白质组学 单细胞空间转录组学 肿瘤微环境 图深度学习 细胞互作网络