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背景 生鲜肉鸡肉制品极易腐败，而微生物活动是限制其货架期的主要因素。关于肉鸡肉制品腐败微生物组的研究主要采用传统培养方法和16S rRNA基因扩增子测序，但这两种方法均无法揭示整个微生物组的活性。既往关于肉鸡腐败的宏转录组研究也仅限于特定腐败菌，而非整个微生物组。 结果 我们开展的肉鸡肉腐败纵向研究揭示了在4°C和6°C条件下活性细菌微生物组及腐败菌代谢通路活性的演替。每日采集样品，结合非靶向代谢组学、传统微生物学和感官分析进行宏转录组分析，直至发生严重腐败。Carnobacterium divergens、Carnobacterium maltaromaticum和Vagococcus proximus在两种温度下均为活性最高的物种。Carnobacteria属细菌已知为家禽腐败菌，而近期描述的物种Vagococcus proximus在微生物组中表现出出乎意料的活跃作用。在6°C贮藏样品中，该菌成为优势菌种；在4°C条件下，其活性也在保质期后升高。中心碳水化合物代谢是两种温度下微生物组中最常见的KEGG直系同源通路模块。C. divergens和C. maltaromaticum在腐败过程中表现出稳定的代谢特征，而V. proximus在4°C贮藏样品腐败加剧时则表现出从高ATP合成活性向增强脂肪酸和碳水化合物代谢的转变。非靶向代谢组学显示，两种温度下具有相似的代谢组趋势。在6°C条件下，随时间变化的改变通常更为显著，且腐败标志物酪胺和亚精胺的积累更多。 结论 正如预期，6°C下的腐败速率高于4°C，但我们并未预料到腐败过程整体轨迹的相似性。我们的结果将V. proximus确定为肉鸡肉中的关键活性腐败菌，并证明了将RNA-seq与代谢组学结合用于解析肉类腐败微生物组功能的有效性。这表明，腐败微生物组中包含一些由于标准方法的技术局限而长期被我们忽视的活性物种。未来有必要开展针对Vagococcus属代谢及其检测的研究。
背景 生肉鸡肉产品极易腐败，微生物活动是限制其货架期的主要因素。针对肉鸡肉产品腐败微生物组的研究主要采用传统培养方法和16S rRNA基因扩增子测序，但这两种方法都无法揭示整个微生物组的活性。此前关于肉鸡腐败的宏转录组研究也仅限于特定腐败菌，而非整个微生物组。
结果 我们对肉鸡肉腐败开展的纵向研究揭示了在4C和6C条件下活性细菌微生物组及腐败菌代谢通路活性的演替。每日采集样品，并结合非靶向代谢组学、传统微生物学和感官分析进行宏转录组分析，直至发生高度腐败。Carnobacterium divergens、Carnobacterium maltaromaticum和Vagococcus proximus在两种温度下都是活性最高的物种。Carnobacteria是已知的禽肉腐败菌，而最近描述的物种Vagococcus proximus在微生物组中发挥了出乎意料的活跃作用。它在6C贮藏样品中成为优势菌种，并且在4C条件下于超过食用期限后其活性也有所增加。在两种温度下，中心碳水化合物代谢是该微生物组中最常见的KEGG直系同源通路模块。C. divergens和C. maltaromaticum在腐败过程中表现出稳定的代谢特征，而V. proximus在4C贮藏样品中随着腐败加剧，其代谢活动由高ATP合成活性转向增强的脂肪酸和碳水化合物代谢。非靶向代谢组学显示两种温度下具有相似的代谢组趋势。在6C条件下，随时间变化的改变通常更为显著，且腐败标志物酪胺和亚精胺积累更多。
结论 正如预期，与4C相比，6C下的腐败速率更高；然而，我们并未预料到腐败过程总体轨迹会如此相似。我们的结果将V. proximus与肉鸡肉中的关键活性腐败菌联系起来，并证明了将RNA-seq与代谢组学结合用于解析肉类腐败微生物组功能的有效性。这表明，腐败微生物组由一些活性物种构成，而由于标准方法的技术局限性，我们一直忽视了这些物种。未来有必要开展针对Vagococcus代谢及其检测的研究。
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.04.730080v1?rss=1
🏷️ 肉鸡腐败 宏转录组 RNA测序 Vagococcus 腐败微生物组 代谢组学