靶向 HPV E1-E2 界面的高亲和力肽抑制剂的从头设计与计算验证

高危型人乳头瘤病毒（HPV）毒株的致癌进程在根本上依赖于E1复制解旋酶与E2起始点结合蛋白之间的协同相互作用，以启动病毒DNA扩增。破坏这一关键的蛋白—蛋白相互作用，为在恶性转化发生之前治疗已建立的HPV感染提供了一种极具前景但尚未在临床上实现的治疗范式。本研究提出了一套用于评估和筛选从头生成肽抑制剂的综合计算流程。我们以HPV E1-E2蛋白界面作为概念验证，具体靶向位于E1解旋酶溶剂暴露表面上的一个高度保守的精氨酸三联体。利用AlphaProteo生成模型进行序列发现，并结合AlphaFold 3进行复合物结构预测，生成了一个候选结合肽文库，随后使用GROMACS对其进行双尺度分子动力学模拟及热力学验证。结果确立了Binder 8为先导候选物，其预测结合自由能为-59.1 ± 0.7 kcal/mol，表明其理论亲和力显著强于天然E1-E2基线。能量分解分析证实，Binder 8通过涉及该精氨酸三联体的精确相互作用结合于E1界面。此外，基于深度学习的理化性质分析，借助CSM-Toxin和AlgPred 2.0证实Binder 8具有理想的安全性特征，表现为预测毒性为零且无致敏性。蛋白序列比对进一步证实，所靶向的精氨酸三联体在绝大多数致癌性α-乳头瘤病毒基因型中具有进化保守性，凸显了Binder 8作为广谱抗病毒开发可行且前景良好的候选骨架。该研究展示了一种用于破坏E1-E2相互作用的计算解决方案，并为未来通过生物层干涉技术开展体外验证以确认其物理抑制作用奠定了基础。

针对 HPV E1-E2 界面的高亲和力肽抑制剂的从头设计与计算验证 | bioRxiv

跳转至主要内容

首页 关于 提交 提醒 / RSS 搜索此关键词 高级搜索 新结果

针对 HPV E1-E2 界面的高亲和力肽抑制剂的从头设计与计算验证

Sean Fletcher， Esther E. Biswas-Fiss， Subhasis B Biswas

doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.01.729313

Sean Fletcher 特拉华大学 在 Google Scholar 上查找该作者 在 PubMed 上查找该作者 在持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 许可，可永久展示该预印本。 保留所有权利。未经许可不得转载。

查看讨论主题。

返回顶部

上一篇

下一篇

发布于 2026 年 6 月 4 日。

下载 PDF

补充材料

电子邮件

感谢您有意帮助传播 bioRxiv 的内容。

您的电子邮件 *

您的姓名 *

发送至 *

请输入多个地址，每行一个，或以逗号分隔。

您将要通过电子邮件发送以下内容

针对 HPV E1-E2 界面的高亲和力肽抑制剂的从头设计与计算验证

邮件主题

（您的姓名）已从 bioRxiv 转发了一个页面给您

邮件正文

（您的姓名）认为您可能希望查看 bioRxiv 网站上的此页面。

您的个人留言

验证码

此问题用于测试您是否为人类访客，并防止自动垃圾信息提交。

分享

针对 HPV E1-E2 界面的高亲和力肽抑制剂的从头设计与计算验证

Sean Fletcher， Esther E. Biswas-Fiss， Subhasis B Biswas

bioRxiv 2026.06.01.729313； doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.01.729313

分享本文：

复制

引文工具

针对 HPV E1-E2 界面的高亲和力肽抑制剂的从头设计与计算验证

Sean Fletcher， Esther E. Biswas-Fiss， Subhasis B Biswas

bioRxiv 2026.06.01.729313； doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.01.729313

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.01.729313v1?rss=1

🏷️ HPV 蛋白-蛋白相互作用 肽抑制剂设计 分子动力学模拟 AlphaFold 抗病毒药物开发